Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001801`

染色体: Chr07 坐标: 15378036-15379512 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001801`
名称	SmilChr07G001801
描述	probable aquaporin TIP5-1
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	15378036 - 15379512 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995489`
GeneID	`130995489`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995489`
原始查询	`SmilChr07G001801`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable aquaporin TIP5-1
产物	probable aquaporin TIP5-1
Arabidopsis	`AT3G47440` (TIP5;1) tonoplast intrinsic protein 5;1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823898] identity=59.1; qcov=0.975; evalue=2.1e-94; confidence=high
Rice	`Os04g0550800` (OsTIP5) probable aquaporin TIP5-1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4336593] identity=54.5; qcov=1; evalue=1.44e-81; confidence=high
GO	GO:0006833 (water transport); GO:0015250 (water channel activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF00230 (MIP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995489

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057776774.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	0.80000	`XP_057776774.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057776774.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057776774.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776774.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:15378276`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A4,B1
`Chr7:15378475`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B118
`Chr7:15378585`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B118
`Chr7:15378870`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776774.1

243 aa

122

243

MIP

PF00230 MIP 15-225 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776774.1`	Pfam	`PF00230`	MIP	Family	15	225	2.2e-61	208.2	Major intrinsic protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920791.1
ATCACCTAACTGCTTATAACTTCTCCTCCTCCATTCTATACTATCATCCTAAAACAATTCTCCAACACCATAAATATCATCACTCATCTCTTCTTGAAAGAAATTTCACAGAGTTTCAGACATTTGAGGATGGCATCGCTGAAATCCCGGCTGCAGCACTCCGTCACTCCTGTTGCCCTTAGATCTTATCTTGCAGAGTTCATATCCACATTCCTCTTCGTCTTCGCCTCAGTTGGCGCCGCCACTTCTTCATGGAAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995489
ATGGCATCGCTGAAATCCCGGCTGCAGCACTCCGTCACTCCTGTTGCCCTTAGATCTTATCTTGCAGAGTTCATATCCACATTCCTCTTCGTCTTCGCCTCAGTTGGCGCCGCCACTTCTTCATGGAAGATGACGGCGTCTGACCCGGCCTCTCTGACGGCTACTGCAATCGCGAGCGCCTTTGCTTTATCAGCGGCTGTTTACATCGCCGCCAGCATCTCCGGTGGCCACGTCAATCCCGCGGTGACGTTCGCAATGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776774.1
MASLKSRLQHSVTPVALRSYLAEFISTFLFVFASVGAATSSWKMTASDPASLTATAIASAFALSAAVYIAASISGGHVNPAVTFAMAVGGHITIPMAVFYWMAQMLGSVMACLVLKTMTVGQKIRVHTIPDEMTGFGASILEGVMTFGLVYTVYVCADARRSSAIGPLAVGFILGANVLASGPFTGGSMNPACAFGAALVGGSFKNQAVYWVGPLIGAALAGILYDNVVFPAHSVSDGAVVGI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器