Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001802

染色体: Chr07 坐标: 15379060-15380988 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001802
名称SmilChr07G001802
描述F-box protein At5g07670-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向15379060 - 15380988 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995488
GeneID130995488
locus_tag-
NCBI NameLOC130995488
原始查询SmilChr07G001802

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box protein At5g07670-like
产物F-box protein At5g07670-like
ArabidopsisAT5G07670 (AT5G07670)
RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830660]
identity=57.1; qcov=0.891; evalue=9.23e-170; confidence=high
RiceOs02g0658500 (Os_F0751)
-
identity=44.2; qcov=0.71; evalue=1.58e-80; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0019005 (SCF ubiquitin ligase complex); GO:0031146 (SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995488

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776773.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776773.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776773.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776773.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057776773.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:15379462 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,C82
Chr7:15379708 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,A5,B8,B84
Chr7:15379747 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,C2,C33
Chr7:15379750 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr7:15379776 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,B87,C33
Chr7:15379790 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr7:15379805 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,D1
Chr7:15379830 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 47 A15,A20,A25,A6,B100,B114,B125,B126,B129,B140,B17,B24,B25,B26,B3,B30,B4,B44,B51,B58,B6,B61,B69,B71,B72,B73,B81,B82,B9,B91,C10,C17,C21,C3,C34,C36,C39,C53,C6,C63,C67,C7,C70,C73,C82,D1,D9
Chr7:15379834 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B114,B137
Chr7:15379881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,C2
Chr7:15379897 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr7:15379928 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920790.1
TTAAAAATATTCGACCACATAAAAAGGGCCATTTTGAATACCAGTCTCCCAGATAAACTGCACTAGGCCCCACTCTAATGTATCCGTTACAAACATAACCACACTGAAGAGTAGAGGAAACAAGCCGTTGCGACCGAAAATAGAAATTTATAATTATCTTTGAGGAAATATGAGAGAAATATGAGGTAGAGAAGAAGGGATTTTGGTATTCTTCGTAGTAGCTGAGGAAGAAAAAAACGATGGGGTTTTCACCTGACAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995488
ATGGGGTTTTCACCTGACAAAGAAAATCAACATTCAGCGAGCTGGTTGAGAAGCAAGAAAGCTTTGAACAATGTCCTCTGCGCAATGCGCCTCAACAAACCCCTCACCCCCAAGAACCAAATCCAACCCCCGCTTGCTTCACCGCGCACACCCAAGATCCATCATTTCACTCCTACAACAGATGTTGTTCTCGACAAAACTTCACTTCTCTCCGATGAAATCTTGCTCAAGATTCTCTCAAAGCTCCCGACATCTCAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776773.1
MGFSPDKENQHSASWLRSKKALNNVLCAMRLNKPLTPKNQIQPPLASPRTPKIHHFTPTTDVVLDKTSLLSDEILLKILSKLPTSQRDANFLVSKRWLNLQGRLVRSVKLLDWYFLVSGRLLYRFPNLVRVDLVTGCLVSPQNLGVSVTNRIVSFHGGSDCFHHKDWFTPENYALSGDEVDRGLKVLAGGFPNLRKLAVMNATEMGLLSVAEECPALQELELRMCNDRVLRGIAACQNLQILRLSGVADGSLVSDVGLTI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器