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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001808

染色体: Chr07 坐标: 15473538-15475178 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001808
名称SmilChr07G001808
描述uncharacterized SmilChr07G001808
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向15473538 - 15475178 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995496
GeneID130995496
locus_tag-
NCBI NameLOC130995496
原始查询SmilChr07G001808

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Uncharacterized conserved protein (UCP012943) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828620]; symbol=AT4G25170; hit=AT4G25170; species=arabidopsis; confidence=low
产物Uncharacterized conserved protein (UCP012943) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828620]; symbol=AT4G25170; hit=AT4G25170; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT4G25170 (AT4G25170)
Uncharacterized conserved protein (UCP012943) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828620]
identity=34.1; qcov=1.09; evalue=1.87e-28; confidence=low
RiceOs02g0657700
-
identity=33.7; qcov=0.743; evalue=6.77e-24; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF27707 (UCP012943)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995496

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057776781.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057776781.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.40000 XP_057776781.1
4 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057776781.1
5 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057776781.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:15473686 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B29
Chr7:15473686 TGA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B29
Chr7:15473715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr7:15473744 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 66 A14,A15,A20,A24,A5,A8,B1,B10,B103,B105,B115,B119,B122,B129,B130,B133,B134,B140,B15,B16,B20,B22,B24,B26,B33,B36,B4,B45,B46,B48,B53,B54,B65,B7,B78,B81,B82,B91,B95,C10,C12,C2,C23,C29,C30,C32,C33,C35,C38,C40,C41,C43,C49,C51,C53,C54,C60,C68,C73,C8,C81,C86,D1,D6,D7,D9
Chr7:15473749 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 64 A14,A15,A20,A24,A5,A8,B1,B10,B103,B105,B115,B119,B122,B129,B130,B133,B134,B140,B15,B20,B22,B24,B26,B33,B36,B4,B45,B46,B48,B53,B54,B65,B7,B78,B81,B82,B91,B95,C10,C12,C2,C23,C29,C30,C32,C33,C35,C38,C40,C41,C43,C49,C51,C53,C54,C60,C68,C73,C8,C81,C86,D1,D6,D9
Chr7:15473873 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B123,B2
Chr7:15473873 AT A 1bp_deletion CDS_variant 2 B123,B2
Chr7:15474722 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr7:15474767 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr7:15474957 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776781.1
272 aa
N
1
136
272
UCP012943
C
PF27707 UCP012943 139-266 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776781.1 Pfam PF27707 UCP012943 Family 139 266 2.8e-38 132.5 Uncharacterised conserved protein UCP012943

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920798.1
TTAGCCTAAAAAATCTAAACTGAAGAGGAAGATAGTGCTTACCCCAAGCAGGGCTCCTCATCAGTCATCCCACAGTATCCATATATATCCTTATATCAGTAAAAAGAGGTGTATAGATAAGCATGCGGAGGTCCTTGGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCAGAGGTATGGGCGGTGGCATGATCAGAACCTTCCAGAGGGCTGTCAAGGCTGGGGTCGGCGGCGCACCACCGGACACCATTGGTGGTGGAATACCCAAGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995496
ATGCGGAGGTCCTTGGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCAGAGGTATGGGCGGTGGCATGATCAGAACCTTCCAGAGGGCTGTCAAGGCTGGGGTCGGCGGCGCACCACCGGACACCATTGGTGGTGGAATACCCAAGAAGCTTAACAACACATCTCCCAACACTGCTTTAACTCTTTTTTCTCCATCTTTCTCTTCAACGCTGAATCTTCCGGCACCTGCGCCGGCGTGGATCTCTTCTTCTTCTTCCACCGATGGATCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776781.1
MRRSLGGGGGGGRGMGGGMIRTFQRAVKAGVGGAPPDTIGGGIPKKLNNTSPNTALTLFSPSFSSTLNLPAPAPAWISSSSSTDGSEWEYVEFEDETVARGLHDDYVFGTVPSTDEVHHAVSALQQAVGWSAKVGDSEMDWIEPSQHDVVSDAFHLLETEPSVQRMVVSLSSDQAVWDAVLNNEVVRELRGSIHGVVGESDGDDSNNILGWVVRFAKGKIMQLLDLITKLVNSDEKKGDGDDGLDVKVRSSFFLSLMVLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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