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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001823

染色体: Chr07 坐标: 15729155-15730848 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001823
名称SmilChr07G001823
描述uncharacterized SmilChr07G001823
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向15729155 - 15730848 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995509
GeneID130995509
locus_tag-
NCBI NameLOC130995509
原始查询SmilChr07G001823

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995509

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057776797.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057776797.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776797.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776797.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776797.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:15729316 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr7:15729433 GAT G 2bp_deletion frameshift_variant 77 A10,A23,A25,A5,B100,B111,B114,B118,B121,B125,B127,B128,B129,B130,B133,B134,B138,B18,B22,B23,B25,B26,B27,B29,B3,B31,B33,B44,B47,B50,B53,B60,B61,B64,B65,B69,B70,B73,B75,B8,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B99,C14,C15,C18,C19,C21,C24,C25,C29,C3,C31,C36,C39,C40,C44,C45,C52,C54,C55,C57,C58,C6,C62,C64,C66,C73,C85,C9,D5,D6,D8
Chr7:15729580 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B121,B128,C5
Chr7:15729601 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C39
Chr7:15729601 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920814.1
AAGAATATGTATTTAGCCCGATTTCTAGAAAAGAATCATATGATCACAATACGATAATGGTTACAAAGGAATCAGATTCCATCTCAATACTCAAAATCTATATATATCCAACTCCCAACCACATGCAACTTCATCAAACAATGGAGAGTTTTGAAATGAAGGGGAAGCGCCATCATAAACACAAACGGCATCTACACAGGCAACCCGACGCCTACGAGCTCTATGAGCTCGAGCACATGCCGCACGAGCTCACAAAGGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995509
ATGGTTACAAAGGAATCAGATTCCATCTCAATACTCAAAATCTATATATATCCAACTCCCAACCACATGCAACTTCATCAAACAATGGAGAGTTTTGAAATGAAGGGGAAGCGCCATCATAAACACAAACGGCATCTACACAGGCAACCCGACGCCTACGAGCTCTATGAGCTCGAGCACATGCCGCACGAGCTCACAAAGGCTCCAAGTGATCGTGATCGTGATCGTCACATATTTGTATCCGCTGATTATTACGAGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776797.1
MVTKESDSISILKIYIYPTPNHMQLHQTMESFEMKGKRHHKHKRHLHRQPDAYELYELEHMPHELTKAPSDRDRDRHIFVSADYYETGIEEKPNYYVSGRNVQHSAYKGDCEGDVDCMAHKFIESEHDKFQQTKWMSINK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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