当前解析结果
SmilChr07G001826| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001826 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001826 |
| 描述 | chloroplast sensor kinase, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 15748621 - 15754849 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130995512 |
|---|---|
| GeneID | 130995512 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995512 |
| 原始查询 | SmilChr07G001826 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | chloroplast sensor kinase, chloroplastic |
| 产物 | chloroplast sensor kinase%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT1G67840 (CSK)chloroplast sensor kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843110] identity=60.7; qcov=0.889; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os12g0292900- identity=49.4; qcov=0.688; evalue=4.8e-114; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02518 (HATPase_c) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995512 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057776799.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.80000 | XP_057776799.1 |
| 3 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.40000 | XP_057776799.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057776799.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776799.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:15748899 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B123,B83 |
Chr7:15750488 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:15750569 |
ACG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C16 |
Chr7:15750569 |
ACG |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C16 |
Chr7:15751275 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B7 |
Chr7:15751729 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B112,B135,B2,C8,D11 |
Chr7:15752414 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C70 |
Chr7:15754561 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B14 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776799.1PF02518
HATPase_c 486-605 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776799.1 |
Pfam | PF02518 |
HATPase_c | Domain | 486 | 605 | 2.3e-06 | 28.7 | Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。