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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001827

染色体: Chr07 坐标: 15766830-15768964 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001827
名称SmilChr07G001827
描述probable protein phosphatase 2C 14
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向15766830 - 15768964 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995513
GeneID130995513
locus_tag-
NCBI NameLOC130995513
原始查询SmilChr07G001827

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable protein phosphatase 2C 14
产物probable protein phosphatase 2C 14
ArabidopsisAT1G67820 (AT1G67820)
Protein phosphatase 2C family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843108]
identity=48.6; qcov=0.975; evalue=8.45e-113; confidence=high
RiceOs03g0292100 (OsPP2C32)
-
identity=55; qcov=0.556; evalue=2.44e-72; confidence=medium
GOGO:0004722 (protein serine/threonine phosphatase activity); GO:0006470 (protein dephosphorylation); GO:0043169 (cation binding)
KEGG-
PfamPF00481 (PP2C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995513

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776800.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057776800.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776800.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776800.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776800.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:15767182 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B33,B47,C45
Chr7:15767425 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 2 B122,C56
Chr7:15767425 C CAT 2bp_insertion CDS_variant 2 B122,C56
Chr7:15767443 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B87
Chr7:15767443 G GC 1bp_insertion CDS_variant 1 B87
Chr7:15768030 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B119,B122,B65,C60,D7
Chr7:15768071 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr7:15768094 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119
Chr7:15768245 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C83,D3
Chr7:15768317 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B20,B24,B33,C53
Chr7:15768622 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C27
Chr7:15768629 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776800.1
401 aa
N
1
200
401
PP2C
C
PF00481 PP2C 73-291 aa
XP_057776801.1
399 aa
N
1
200
399
PP2C
C
PF00481 PP2C 73-289 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776800.1 Pfam PF00481 PP2C Family 73 291 5.3e-63 213.8 Protein phosphatase 2C
XP_057776801.1 Pfam PF00481 PP2C Family 73 289 1.7e-62 212.1 Protein phosphatase 2C

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920817.1
CCGAATTTGCCCCAACGGCACGGACACAAATATTCAAAATTCCAACTCCCCACAAACAAACCTTTGACATTGACCCCAATAAACAACCTTAACTACCAAACCAGATTTTCTTCTCTCTCTCTCACTTTGACCACAACCTTCTTCTTCTTCCTTTTCTGCCTTTCTATGGCAAATGACAGTGCTGCTGTTGTAGTGATCGACGCCGTTTCAAGGTCAAGGTTCCATGAAGCCAGTGGGATTCTTGGACGCCCAAATGGGCT...
XM_057920818.1
TCCAACTCCCCACAAACAAACCTTTGACATTGACCCCAATAAACAACCTTAACTACCAAACCAGATTTTCTTCTCTCTCTCTCACTTTGACCACAACCTTCTTCTTCTTCCTTTTCTGCCTTTCTATGGCAAATGACAGTGCTGCTGTTGTAGTGATCGACGCCGTTTCAAGGTCAAGGTTCCATGAAGCCAGTGGGATTCTTGGACGCCCAAATGGGCTGGTTTCTTCTTTGAAGAGGAAGAGGCCGCCCAAGATCGAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130995513
ATGGCAAATGACAGTGCTGCTGTTGTAGTGATCGACGCCGTTTCAAGGTCAAGGTTCCATGAAGCCAGTGGGATTCTTGGACGCCCAAATGGGCTGGTTTCTTCTTTGAAGAGGAAGAGGCCGCCCAAGATCGATATCCCAAATGTTTTGCGTGAAATTCCTGCTGATATTTTCAAGGCCCAGCCTGGTGATGCTGGCGTGTGCTTCTCTGCTTCTGGGGTTGCGGTTTCTGCTGCCAAGGGCAAGAAAAAGTTTATGGA...
LOC130995513
ATGGCAAATGACAGTGCTGCTGTTGTAGTGATCGACGCCGTTTCAAGGTCAAGGTTCCATGAAGCCAGTGGGATTCTTGGACGCCCAAATGGGCTGGTTTCTTCTTTGAAGAGGAAGAGGCCGCCCAAGATCGATATCCCAAATGTTTTGCGTGAAATTCCTGCTGATATTTTCAAGGCCCAGCCTGGTGATGCTGGCGTGTGCTTCTCTGCTTCTGGGGTTGCGGTTTCTGCTGCCAAGGGCAAGAAAAAGTTTATGGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057776800.1
MANDSAAVVVIDAVSRSRFHEASGILGRPNGLVSSLKRKRPPKIDIPNVLREIPADIFKAQPGDAGVCFSASGVAVSAAKGKKKFMEDSHKILRSSNGTKDFFGVYDGHGGSKAAEFVAENLHLNIFKMLESNCGKDKEKAMMEGYLKTDEEFLKQLQGLSSGVCCVTALIEGNEMVVSNLGDCRAVVCREGTAEAITSDHKPEREDERRRIEDKGGFLEIHRGTWRVHGTLAVSRSIGDAHLKDWVTAEPDTKLIHLTP...
XP_057776801.1
MANDSAAVVVIDAVSRSRFHEASGILGRPNGLVSSLKRKRPPKIDIPNVLREIPADIFKAQPGDAGVCFSASGVAVSAAKGKKKFMEDSHKILRSSNGTKDFFGVYDGHGGSKAAEFVAENLHLNIFKMLESNCGKDKEKAMMEGYLKTDEEFLKQGLSSGVCCVTALIEGNEMVVSNLGDCRAVVCREGTAEAITSDHKPEREDERRRIEDKGGFLEIHRGTWRVHGTLAVSRSIGDAHLKDWVTAEPDTKLIHLTPDM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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