当前解析结果
SmilChr07G001828| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001828 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001828 |
| 描述 | alpha-L-fucosidase 3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 15768866 - 15771434 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130995514 |
|---|---|
| GeneID | 130995514 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995514 |
| 原始查询 | SmilChr07G001828 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | alpha-L-fucosidase 3-like |
| 产物 | alpha-L-fucosidase 3-like |
| Arabidopsis | AT3G26430 (AT3G26430)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822247] identity=63.9; qcov=0.955; evalue=3.47e-178; confidence=high |
| Rice | Os07g0586200 (OsGELP92)- identity=60.3; qcov=0.963; evalue=2.15e-160; confidence=high |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995514 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057776802.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.40000 | XP_057776802.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057776802.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057776802.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776802.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:15769156 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C11,C13,C69 |
Chr7:15769252 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B84 |
Chr7:15769278 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B27,D5 |
Chr7:15769611 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B123 |
Chr7:15769907 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr7:15770972 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr7:15771028 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr7:15771031 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr7:15771139 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,D11 |
Chr7:15771146 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776802.1PF00657
Lipase_GDSL 28-358 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776802.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 28 | 358 | 1.5e-47 | 163.2 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。