当前解析结果
SmilChr07G001841| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001841 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001841 |
| 描述 | protein SIEVE ELEMENT OCCLUSION B-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 15877761 - 15880716 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995525 |
|---|---|
| GeneID | 130995525 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995525 |
| 原始查询 | SmilChr07G001841 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein SIEVE ELEMENT OCCLUSION B-like |
| 产物 | protein SIEVE ELEMENT OCCLUSION B-like |
| Arabidopsis | AT3G01680 (SEOR1)sieve element occlusion amino-terminus protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821097] identity=36.8; qcov=0.989; evalue=1.91e-158; confidence=medium |
| Rice | -- |
| GO | GO:0010088 (phloem development) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14576 (SEO_N); PF14577 (SEO_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995525 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057776824.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057776824.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057776824.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057776824.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776824.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:15877917 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:15877973 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A2,B131,B56,B96,C72 |
Chr7:15877988 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C33,C46 |
Chr7:15877993 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C33,C46 |
Chr7:15878054 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,B7 |
Chr7:15878299 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C8,D10 |
Chr7:15878446 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr7:15878456 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B66,B94 |
Chr7:15878653 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B24,B33,B72,C53 |
Chr7:15878875 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B7 |
Chr7:15879273 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B138,B31 |
Chr7:15879699 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B52,B93,B98,C55,C70 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776824.1PF14576
SEO_N 60-363 aa
PF14577
SEO_C 526-759 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776824.1 |
Pfam | PF14576 |
SEO_N | Family | 60 | 363 | 2.3e-97 | 326.4 | Sieve element occlusion N-terminus |
XP_057776824.1 |
Pfam | PF14577 |
SEO_C | Family | 526 | 759 | 9.1e-88 | 294.3 | Sieve element occlusion C-terminus |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。