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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001865

染色体: Chr07 坐标: 16161287-16165126 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001865
名称SmilChr07G001865
描述protein WVD2-like 7
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向16161287 - 16165126 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995552
GeneID130995552
locus_tag-
NCBI NameLOC130995552
原始查询SmilChr07G001865

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein WVD2-like 7
产物protein WVD2-like 7
ArabidopsisAT3G27350 (AT3G27350)
transcriptional regulator ATRX-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822356]
identity=54.1; qcov=0.166; evalue=1.76e-23; confidence=weak
RiceOs05g0420500
-
identity=58.7; qcov=0.123; evalue=9.24e-15; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995552

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057776866.1
2 Spindle Spindle 0.40000 XP_057776866.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057776866.1
4 Spindle pole Spindle pole 0.20000 XP_057776866.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776866.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:16161625 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 6 B1,B35,B74,C25,D10,D11
Chr7:16161694 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 5 B1,B35,B74,D10,D11
Chr7:16161694 ATG A 2bp_deletion CDS_variant 5 B1,B35,B74,D10,D11
Chr7:16161700 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B35,B74,D10,D11
Chr7:16161721 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B35,B74,C25,D10
Chr7:16161727 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B35,B74,D10
Chr7:16161756 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B74,C25
Chr7:16162082 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:16162138 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B74
Chr7:16162143 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,B74,D10
Chr7:16162639 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B53,B60
Chr7:16162639 AC A 1bp_deletion CDS_variant 2 B53,B60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920883.1
ACGTAGTAGCAGTGCCCAATTCAACAACCAGAAACCACCGCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCAACAGAAGCACAATTTAGTCAAGTGCTTCGCTTTTTCTGACACCCTTTTGAAATAGCTCCTGCTCAATTGATCTCCAATGGCTCCCTGAATCAGATTGAAAAACAAAAAAATCAGAATTTTTTTCAGAGTTTTCTGAAACAGAGGTTCAGGATCGTGATGAAAAACTAAATTGGCCAAGAATTTGTTAAAATATTAGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995552
ATGGGGGAATCTGCTGCGTGGCTCGTGCGCTCATTTTCTCAGCCTTCTCCTACATCCGAAGAAGAAAAAAAGGGGAACCCGATAGATCGGGCCCTAACAGCATCAGTATCCTTTGGAAGGTTCATGTCTGAATCGTTAGACTGGGAAAAATGGTCAGCTTTTACTAACAACCGATACTTGGAGGAAGTTGAGAAGTATTCGAAGCCTGGTTCTGTTGCTGCGAAGAAAGCTTACTTTGAAGCTCATTTCAAGAGAAGGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776866.1
MGESAAWLVRSFSQPSPTSEEEKKGNPIDRALTASVSFGRFMSESLDWEKWSAFTNNRYLEEVEKYSKPGSVAAKKAYFEAHFKRRRAAALLEQQNAAACTFSETENTEAKIDDNSSLDLGIKEAGIQSSEPAIPSGQSGNHDTSFERTLEDTKRGATETAMKPLANHLKHDVCIVDTVSKKEDTTRNKDDSAIGNPASGQKIPKAPSAKMLIKGVGCKCSPSVEPIIPVQLKNSEKSPESKRNSTDSSNKRRSYLTSLH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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