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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001868

染色体: Chr07 坐标: 16177338-16179648 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001868
名称SmilChr07G001868
描述probable carboxylesterase 16
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向16177338 - 16179648 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995555
GeneID130995555
locus_tag-
NCBI NameLOC130995555
原始查询SmilChr07G001868

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable carboxylesterase 16
产物probable carboxylesterase 16
ArabidopsisAT3G27320 (AT3G27320)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822351]
identity=64.7; qcov=0.881; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0256000
-
identity=57.5; qcov=0.926; evalue=1.13e-166; confidence=high
GOGO:0016787 (hydrolase activity)
KEGG-
PfamPF07859 (Abhydrolase_3); PF20434 (BD-FAE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995555

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057776869.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057776869.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057776869.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776869.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776869.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:16177700 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,A5,B8,C58
Chr7:16177827 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:16177841 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B93,C48,C70,C72,D11
Chr7:16178078 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr7:16178795 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C11,C13,C65,C69
Chr7:16178885 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B42,B43,B67,B76,C76
Chr7:16178938 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B62,B76,C50,C60
Chr7:16179103 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B64,D11
Chr7:16179289 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr7:16179500 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr7:16179543 A AAG 2bp_insertion frameshift_variant 8 A21,A3,B101,B48,B56,B80,B96,C61
Chr7:16179584 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776869.1
488 aa
N
1
244
488
BD-FAE
Abhydrolase_3
C
PF20434 BD-FAE 184-264 aa PF07859 Abhydrolase_3 199-453 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776869.1 Pfam PF20434 BD-FAE Domain 184 264 1.3e-09 38.6 BD-FAE
XP_057776869.1 Pfam PF07859 Abhydrolase_3 Domain 199 453 1.9e-55 188.6 alpha/beta hydrolase fold

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920886.1
TACTATATCTACACACACACATAAATGCCTTTTTTTTTGACGGACAAACAAAAATACTTTGAAACTCTTGAAAATATAGTATCTAGAAGCGCCTTCTCTCTCTCTTTCTCATCACCATCCCATGGAATTGAACCAGTCTCCTTCAAATCTTTCTTCCTCTATGTAAAATTCAAATCTTTTTTCACATTCACACGCAGAAAATTCTCTTCCATATATGCCTGCATTTCTGCGTGTGAATCAACAATGCCGAGCGTCACAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995555
ATGCCTTTTTTTTTGACGGACAAACAAAAATACTTTGAAACTCTTGAAAATATAGTATCTAGAAGCGCCTTCTCTCTCTCTTTCTCATCACCATCCCATGGAATTGAACCAGTCTCCTTCAAATCTTTCTTCCTCTATGTAAAATTCAAATCTTTTTTCACATTCACACGCAGAAAATTCTCTTCCATATATGCCTGCATTTCTGCGTGTGAATCAACAATGCCGAGCGTCACAGTGAAATTATACAGCGTCCTATTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776869.1
MPFFLTDKQKYFETLENIVSRSAFSLSFSSPSHGIEPVSFKSFFLYVKFKSFFTFTRRKFSSIYACISACESTMPSVTVKLYSVLFKFFLKRKLLTLIDAAAGDPYGIVLRPDEAVAAANPSFSEDGVATKDLHIDPLTPLSLRIFLPDSAIVSPKSVPDLRVRVQPSRILKKAPDGAVVYGGYLPENSGRNCRKLPVILQFHGGGWVSGGSDTVANDVFCRRLARSCDAVVVAVGYRLAPESRYPAAFEDGVKVLNWLA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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