当前解析结果
SmilChr07G001868| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001868 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001868 |
| 描述 | probable carboxylesterase 16 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 16177338 - 16179648 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130995555 |
|---|---|
| GeneID | 130995555 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995555 |
| 原始查询 | SmilChr07G001868 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable carboxylesterase 16 |
| 产物 | probable carboxylesterase 16 |
| Arabidopsis | AT3G27320 (AT3G27320)alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822351] identity=64.7; qcov=0.881; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os12g0256000- identity=57.5; qcov=0.926; evalue=1.13e-166; confidence=high |
| GO | GO:0016787 (hydrolase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07859 (Abhydrolase_3); PF20434 (BD-FAE) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995555 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057776869.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057776869.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057776869.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057776869.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776869.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:16177700 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A10,A5,B8,C58 |
Chr7:16177827 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:16177841 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B93,C48,C70,C72,D11 |
Chr7:16178078 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B99 |
Chr7:16178795 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C11,C13,C65,C69 |
Chr7:16178885 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B42,B43,B67,B76,C76 |
Chr7:16178938 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B107,B62,B76,C50,C60 |
Chr7:16179103 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B64,D11 |
Chr7:16179289 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B72 |
Chr7:16179500 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr7:16179543 |
A |
AAG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 8 | A21,A3,B101,B48,B56,B80,B96,C61 |
Chr7:16179584 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C79 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776869.1PF20434
BD-FAE 184-264 aa
PF07859
Abhydrolase_3 199-453 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776869.1 |
Pfam | PF20434 |
BD-FAE | Domain | 184 | 264 | 1.3e-09 | 38.6 | BD-FAE |
XP_057776869.1 |
Pfam | PF07859 |
Abhydrolase_3 | Domain | 199 | 453 | 1.9e-55 | 188.6 | alpha/beta hydrolase fold |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。