Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001883`

染色体: Chr07 坐标: 16289687-16292149 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001883`
名称	SmilChr07G001883
描述	40S ribosomal protein SA-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	16289687 - 16292149 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995572`
GeneID	`130995572`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995572`
原始查询	`SmilChr07G001883`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	40S ribosomal protein SA-like
产物	40S ribosomal protein SA-like
Arabidopsis	`AT3G04770` (RPSAb) 40s ribosomal protein SA B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819637] identity=75.5; qcov=0.927; evalue=1.02e-152; confidence=high
Rice	`Os03g0182600` - identity=71.8; qcov=0.993; evalue=2.03e-140; confidence=high
GO	GO:0000028 (ribosomal small subunit assembly); GO:0002181 (cytoplasmic translation); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0022627 (cytosolic small ribosomal subunit); GO:0030686 (90S preribosome)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00318 (Ribosomal_S2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995572

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057776894.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057776894.1`
3	Melanosome	Melanosome	0.20000	`XP_057776894.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057776894.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776894.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:16289935`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C48,C72
`Chr7:16290505`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C72
`Chr7:16290740`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C76
`Chr7:16290742`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B123
`Chr7:16290842`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B26,B64,B78,C63,D6
`Chr7:16291158`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:16291204`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776894.1

300 aa

150

300

Ribosomal_S2

PF00318 Ribosomal_S2 18-111 aa PF00318 Ribosomal_S2 117-182 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776894.1`	Pfam	`PF00318`	Ribosomal_S2	Family	18	111	1.2e-26	94.0	Ribosomal protein S2
`XP_057776894.1`	Pfam	`PF00318`	Ribosomal_S2	Family	117	182	1.2e-26	94.0	Ribosomal protein S2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920911.1
ATCGGATGTCAATTTTGGCCCAATAAGTAGAACTTAGCCTAGGGTTTATGATTTTATATATTCGGCTGCATCTATCTATCTAATCTCTATTTCTGCACCTCAACAGTGTCGCGAAGGAGCCAGCGGCTGAAGAACTGAATCATGGCGACCCCTCCAAGGACTCTGTCGACTAAGGAGGCCGACATTCAGTTGATGTTGGCTGCCGAAGTTCACCTCGGCACCAAAAATTGCGATTTCCAGATGGAGCGCTATGTATTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995572
ATGGCGACCCCTCCAAGGACTCTGTCGACTAAGGAGGCCGACATTCAGTTGATGTTGGCTGCCGAAGTTCACCTCGGCACCAAAAATTGCGATTTCCAGATGGAGCGCTATGTATTCAAACGCCGCAACGATGGAATTTACATTATCAATCTTGGAAAGACATGGGAAAAACTGCAGATGGCTGCCAGAGTTATTGTTGGTATTGAGAATCCTCAGGACATAATTGTCCAATCTGCTAGACCTTATGGTCAGAGAGCTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776894.1
MATPPRTLSTKEADIQLMLAAEVHLGTKNCDFQMERYVFKRRNDGIYIINLGKTWEKLQMAARVIVGIENPQDIIVQSARPYGQRAVLKFAQYTGANAIAGRHTPGTFTNQLQTTFSEPRLLILTDPRTDHQPIKEAALYNIPTIAFCDTDSPMRYVDIGIPANNKGKHSIGCLFWLLARMVLQMRGVIAPGHKWDIMVDLFFYREPEEAKEEEQEEAPALDYADYGAAAIGADWSSAQIPEAQWAPDLPSAAPPVASGW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器