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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001901

染色体: Chr07 坐标: 16425501-16427477 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001901
名称SmilChr07G001901
描述remorin
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向16425501 - 16427477 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995587
GeneID130995587
locus_tag-
NCBI NameLOC130995587
原始查询SmilChr07G001901

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述remorin
产物remorin
ArabidopsisAT1G67590 (AT1G67590)
Remorin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843080]
identity=55.2; qcov=1.14; evalue=5.61e-114; confidence=high
RiceOs03g0120200 (OsREM6.2)
-
identity=37.8; qcov=1.03; evalue=7.94e-50; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF03763 (Remorin_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995587

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057776925.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057776925.1
3 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057776925.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057776925.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776925.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:16426214 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr7:16426565 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr7:16426581 CGG C 2bp_deletion frameshift_variant 5 A6,B140,B26,B64,C83
Chr7:16426581 CGG C 2bp_deletion CDS_variant 5 A6,B140,B26,B64,C83
Chr7:16427331 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,A7,B51,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776925.1
310 aa
N
1
155
310
Remorin_C
C
PF03763 Remorin_C 197-299 aa
XP_057776926.1
310 aa
N
1
155
310
Remorin_C
C
PF03763 Remorin_C 197-299 aa
XP_057776928.1
310 aa
N
1
155
310
Remorin_C
C
PF03763 Remorin_C 197-299 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776925.1 Pfam PF03763 Remorin_C Family 197 299 2.2e-32 111.7 Remorin, C-terminal region
XP_057776926.1 Pfam PF03763 Remorin_C Family 197 299 2.2e-32 111.7 Remorin, C-terminal region
XP_057776928.1 Pfam PF03763 Remorin_C Family 197 299 2.2e-32 111.7 Remorin, C-terminal region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920942.1
CTTCCCAAGATTCCATAGTTGTAGCAATCTATGAATTTTTTCACTGCTTTTGCCTGCTATCCTTTTTACCTCACCATGCATAGTATATGCGAATATTATACTAATATTATTACTACTCCGTTTTTATCAACCATTCGGTCCGTCTCAACTTCTTCTGCTAACTCTTTTTATGCTAAAATGTGTTTCCTCATTCATGGTTTCGAGGCCTTCATTCTCTGCACCCTTTGATTGTGCTCAGCTCCTTCAAAACACAAATTAAA...
XM_057920945.1
CCATAGTTGTAGCAATCTATGAATTTTTTCACTGCTTTTGCCTGCTATCCTTTTTACCTCACCATGCATAGTATATGCGAATATTATACTAATATTATTACTACTCCGTTTTTATCAACCATTCGGACATGAAGGGGTTTTGATTCTTGGATTGAGAATGAGATCCATAGAGGATAAGGGGTGCTTGACACAAGAAGTTGGAGGAGGTGGTAGTTGTATGAGCTTCGAGTTCAAGAGCAATGGCCTCACACTCAGTCGCA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130995587
ATGAGATCCATAGAGGATAAGGGGTGCTTGACACAAGAAGTTGGAGGAGGTGGTAGTTGTATGAGCTTCGAGTTCAAGAGCAATGGCCTCACACTCAGTCGCAGTGCTTCCCATACCTTAGGCAAACCCACCCCATCCAAATGGGACGACGCGCAGAAGTGGCTGGTGAATCTGTCCAAGAATCCCAGCAAGGCCTCTCCCCGCAACTCCAATGCCGACGACCGCAGATTGATCGTGCCGCCGGTGCCCAAGAAGGACTA...
LOC130995587
ATGAGATCCATAGAGGATAAGGGGTGCTTGACACAAGAAGTTGGAGGAGGTGGTAGTTGTATGAGCTTCGAGTTCAAGAGCAATGGCCTCACACTCAGTCGCAGTGCTTCCCATACCTTAGGCAAACCCACCCCATCCAAATGGGACGACGCGCAGAAGTGGCTGGTGAATCTGTCCAAGAATCCCAGCAAGGCCTCTCCCCGCAACTCCAATGCCGACGACCGCAGATTGATCGTGCCGCCGGTGCCCAAGAAGGACTA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057776925.1
MRSIEDKGCLTQEVGGGGSCMSFEFKSNGLTLSRSASHTLGKPTPSKWDDAQKWLVNLSKNPSKASPRNSNADDRRLIVPPVPKKDYPSGDEDDAGADQFDVETKTVDCDESVWRINRPSKSVVRSVCVRDMGTEMTPIASQEPSRTATPIRATTPAARSPVSSGTSTPVRSHSALLVSPVTATATDDSETTANPLETRAAAWDEAERAKYMARFKREEVKIQAWENHEKRKAEMQMRKVEVKAERLKSRAQEKYSNKLA...
XP_057776926.1
MRSIEDKGCLTQEVGGGGSCMSFEFKSNGLTLSRSASHTLGKPTPSKWDDAQKWLVNLSKNPSKASPRNSNADDRRLIVPPVPKKDYPSGDEDDAGADQFDVETKTVDCDESVWRINRPSKSVVRSVCVRDMGTEMTPIASQEPSRTATPIRATTPAARSPVSSGTSTPVRSHSALLVSPVTATATDDSETTANPLETRAAAWDEAERAKYMARFKREEVKIQAWENHEKRKAEMQMRKVEVKAERLKSRAQEKYSNKLA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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