当前解析结果
SmilChr07G001901| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001901 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001901 |
| 描述 | remorin |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 16425501 - 16427477 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995587 |
|---|---|
| GeneID | 130995587 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995587 |
| 原始查询 | SmilChr07G001901 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | remorin |
| 产物 | remorin |
| Arabidopsis | AT1G67590 (AT1G67590)Remorin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843080] identity=55.2; qcov=1.14; evalue=5.61e-114; confidence=high |
| Rice | Os03g0120200 (OsREM6.2)- identity=37.8; qcov=1.03; evalue=7.94e-50; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03763 (Remorin_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995587 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057776925.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057776925.1 |
| 3 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 0.20000 | XP_057776925.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057776925.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776925.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:16426214 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B67 |
Chr7:16426565 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B122 |
Chr7:16426581 |
CGG |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 5 | A6,B140,B26,B64,C83 |
Chr7:16426581 |
CGG |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 5 | A6,B140,B26,B64,C83 |
Chr7:16427331 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A24,A7,B51,C80 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776925.1PF03763
Remorin_C 197-299 aa
XP_057776926.1PF03763
Remorin_C 197-299 aa
XP_057776928.1PF03763
Remorin_C 197-299 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776925.1 |
Pfam | PF03763 |
Remorin_C | Family | 197 | 299 | 2.2e-32 | 111.7 | Remorin, C-terminal region |
XP_057776926.1 |
Pfam | PF03763 |
Remorin_C | Family | 197 | 299 | 2.2e-32 | 111.7 | Remorin, C-terminal region |
XP_057776928.1 |
Pfam | PF03763 |
Remorin_C | Family | 197 | 299 | 2.2e-32 | 111.7 | Remorin, C-terminal region |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA3 records
下载 CDS FASTA3 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。