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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001902

染色体: Chr07 坐标: 16428766-16435894 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001902
名称SmilChr07G001902
描述cyclin-dependent kinase G-2
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向16428766 - 16435894 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995588
GeneID130995588
locus_tag-
NCBI NameLOC130995588
原始查询SmilChr07G001902

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cyclin-dependent kinase G-2
产物cyclin-dependent kinase G-2
ArabidopsisAT1G67580 (AT1G67580)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843079]
identity=59.7; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0488000 (CDKG)
-
identity=53.9; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004693 (cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0007346 (regulation of mitotic cell cycle)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995588

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776929.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776929.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776929.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776929.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057776929.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:16429391 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,D11
Chr7:16429426 C CGT 2bp_insertion frameshift_variant 1 C74
Chr7:16429426 C CGT 2bp_insertion CDS_variant 1 C74
Chr7:16429431 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,C77
Chr7:16429474 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,C77
Chr7:16429486 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr7:16429565 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,C77
Chr7:16429741 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C23,D6
Chr7:16429848 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,D11
Chr7:16429912 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B6,C19,C83
Chr7:16429915 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr7:16430145 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776929.1
746 aa
N
1
373
746
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 401-691 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 403-597 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776929.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 401 691 3.4e-71 240.4 Protein kinase domain
XP_057776929.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 403 597 4.5e-33 115.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009092206.1
CAAATTTCGCTTTAAAGGCACATGGAAGCCCAATAGCTTAGGTTCTCTTTCAACGCCGTCGCAATTTGGCTCTCCATCGTTACTCAATTCATCGCCTCCTATCATCTTCTAGAACCATCCGCCGCCACCACACGCTTTCTTTCTCTACAATTTCCTTCGCAATCTTCACCGGTAAGCCTTTCGAATTCTGATTACGTACGCGTGAAAACGGTAGAACATAGATTCAAGAGATCGCGCAGGCTTTATTTTTTAGGGTTTTA...
XR_009092208.1
CAAATTTCGCTTTAAAGGCACATGGAAGCCCAATAGCTTAGGTTCTCTTTCAACGCCGTCGCAATTTGGCTCTCCATCGTTACTCAATTCATCGCCTCCTATCATCTTCTAGAACCATCCGCCGCCACCACACGCTTTCTTTCTCTACAATTTCCTTCGCAATCTTCACCGGTAAGCCTTTCGAATTCTGATTACGTACGCGTGAAAACGGTAGAACATAGATTCAAGAGATCGCGCAGGCTTTATTTTTTAGGGTTTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995588
ATGGCCGCTGGAAGGCACGGGGGTTATAGAGAAAATGAATTCAGAGACCGTGAGGCTGATTTTGGGATGTCAAGGAAGGAAATTGGCTATTCAAATGGTGAATATGAGCGGGTTAGGAAAGGCAGTCGGGACTATGATAGGGGTCAGATCCGGGGTCGAGGCAGTCTCGAGTATCGGGATAGGGTCAGAAGAAGAGATATCGGAGAAAAGGAGATGATGAATGGTGGACATCGCTCTACTTCTAGCAGGAGTGATTCAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776929.1
MAAGRHGGYRENEFRDREADFGMSRKEIGYSNGEYERVRKGSRDYDRGQIRGRGSLEYRDRVRRRDIGEKEMMNGGHRSTSSRSDSGSSGGAPRRCGYIVRPMDREPGELSSDGSDGATDSEIQFNNKETGVTILDSGRQLSPVQNKKRKFSPIVWDRDDKAATRTTRSTKMLEINNLPPLPPPPPLPDSLKSNSIHDAVEQTSLVEDNVVEIFEAPPSEIDSMPYLSELPDVTDSLLPKKEDRVDDLRPEANDDDDYVP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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