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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001915

染色体: Chr07 坐标: 16551988-16552485 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001915
名称SmilChr07G001915
描述F-box/kelch-repeat protein At5g26960-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向16551988 - 16552485 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993890
GeneID130993890
locus_tag-
NCBI NameLOC130993890
原始查询SmilChr07G001915

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box/kelch-repeat protein At5g26960-like
产物F-box/kelch-repeat protein At5g26960-like
ArabidopsisAT5G26960 (AT5G26960)
Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832754]
identity=34.3; qcov=1.2; evalue=1.09e-24; confidence=low
RiceOs11g0138700 (OsFbox566)
-
identity=31.7; qcov=1.21; evalue=6.99e-16; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993890

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057774909.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057774909.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774909.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774909.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774909.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:16552005 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B93
Chr7:16552005 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr7:16552056 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr7:16552100 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 13 A16,B1,B102,B104,B136,B139,B41,B65,B73,B75,C3,C7,C84
Chr7:16552113 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B103,B140,C28,D11
Chr7:16552113 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B140,C28,D11
Chr7:16552116 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B99,C1,C20,C32,C68
Chr7:16552120 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B46,C30,D2
Chr7:16552146 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 2 A9,B53
Chr7:16552146 TC T 1bp_deletion CDS_variant 2 A9,B53
Chr7:16552167 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 13 A6,B125,B129,B138,B139,B19,B31,B46,B83,C30,C35,C5,D2
Chr7:16552186 G GAA 2bp_insertion frameshift_variant 4 B123,B52,B66,B86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918926.1
ATGTCAGCAGCATCGAGCTCTGACTCGTGCCCCTCCCGACACTTCTCATGGCTGATGAAATCCTGCTTCCCCAACCCCCAGAAGCCCCACAACCCCTCCGCCCTCTCCACCACCACTATCGGCGGTGCCGACACCACCATTTCGAGCCTCTCCAATAACCTTGTCCTAGAATGCCTCTCTGGAGTCCCTCACTTCACCCTCCCTTCTCCCCCTTCCGTCTGTTGCCGCTGGACCTACCTCCTCAACTCCCTCGCCTTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993890
ATGTCAGCAGCATCGAGCTCTGACTCGTGCCCCTCCCGACACTTCTCATGGCTGATGAAATCCTGCTTCCCCAACCCCCAGAAGCCCCACAACCCCTCCGCCCTCTCCACCACCACTATCGGCGGTGCCGACACCACCATTTCGAGCCTCTCCAATAACCTTGTCCTAGAATGCCTCTCTGGAGTCCCTCACTTCACCCTCCCTTCTCCCCCTTCCGTCTGTTGCCGCTGGACCTACCTCCTCAACTCCCTCGCCTTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774909.1
MSAASSSDSCPSRHFSWLMKSCFPNPQKPHNPSALSTTTIGGADTTISSLSNNLVLECLSGVPHFTLPSPPSVCCRWTYLLNSLAFHLRHQTLFYSVLVFSLFSHFRLVSIGRKIYIIDRMAMLQCDTWTRTTKMTFLRKKFAATAVDEKILVLRITPYTRLGFI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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