Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001918`

染色体: Chr07 坐标: 16589351-16599291 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001918`
名称	SmilChr07G001918
描述	mannosyl-oligosaccharide glucosidase GCS1
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	16589351 - 16599291 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995601`
GeneID	`130995601`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995601`
原始查询	`SmilChr07G001918`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	mannosyl-oligosaccharide glucosidase GCS1
产物	mannosyl-oligosaccharide glucosidase GCS1
Arabidopsis	`AT1G67490` (GCS1) glucosidase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843070] identity=64.9; qcov=0.92; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0921200` (OsMOGS) - identity=63.1; qcov=0.913; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004573 (Glc3Man9GlcNAc2 oligosaccharide glucosidase activity); GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0006487 (protein N-linked glycosylation); GO:0009311 (oligosaccharide metabolic process)
KEGG	smil00510 (N-Glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03200 (Glyco_hydro_63); PF16923 (Glyco_hydro_63N); PF22422 (MGH1-like_GH)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995601

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057776938.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057776938.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.40000	`XP_057776938.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057776938.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776938.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:16590344`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr7:16591635`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59
`Chr7:16597295`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:16598100`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B94
`Chr7:16598100`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B94
`Chr7:16598631`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B68,C82
`Chr7:16598643`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,B101,B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776938.1

840 aa

420

840

Glyco_hydro_63N

Glyco_hydro_63

MGH1-like_GH

PF16923 Glyco_hydro_63N 98-259 aa PF03200 Glyco_hydro_63 338-835 aa PF22422 MGH1-like_GH 431-823 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776938.1`	Pfam	`PF16923`	Glyco_hydro_63N	Domain	98	259	1.6e-40	140.3	Glycosyl hydrolase family 63 N-terminal domain
`XP_057776938.1`	Pfam	`PF03200`	Glyco_hydro_63	Repeat	338	835	7.3e-221	734.9	Glycosyl hydrolase family 63 C-terminal domain
`XP_057776938.1`	Pfam	`PF22422`	MGH1-like_GH	Repeat	431	823	2.7e-18	67.4	Mannosylglycerate hydrolase MGH1-like glycoside hydrolase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009092216.1
AACAGAAATAACAAACTGAAGAAGCTGCCGCCCCTCACTCTCACTCTCATTCTGCCCGAAAGAGAGAATACAATTCCCACTCCCAATTCTAAATCCCCCTCGCCCTTGTCCATCTGCGCTCACAATGTTGCTTGTTGCTGCTGCAGTTTCTTGTTAAATCCTTCCCATCACAGATAGCCGGATTCGAATTCTTGACCGGCAATGACCCGGATTTCGCGGCGAAACACTCGAGACAAAACAACCGTCGATGCACAATCGCC...

XM_057920955.1
AACAGAAATAACAAACTGAAGAAGCTGCCGCCCCTCACTCTCACTCTCATTCTGCCCGAAAGAGAGAATACAATTCCCACTCCCAATTCTAAATCCCCCTCGCCCTTGTCCATCTGCGCTCACAATGTTGCTTGTTGCTGCTGCAGTTTCTTGTTAAATCCTTCCCATCACAGATAGCCGGATTCGAATTCTTGACCGGCAATGACCCGGATTTCGCGGCGAAACACTCGAGACAAAACAACCGTCGATGCACAATCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995601
ATGACCCGGATTTCGCGGCGAAACACTCGAGACAAAACAACCGTCGATGCACAATCGCCCAACCCGAGGACCCGAATCCCCGTCACCCGAAGCCGCCGCGGTTTCAATCGGATCATTAATTCCACCTTCACGATTTTATTTTCTATTGGAATTCTTCTCATCTTTATCGGATTTTATATGAAGAATGATTTCATAAATCTTGCAAAGAAGACTGTAAAACCCAGGGTTGTCACGCCGTTACCAGCTCCGAAGCTCATGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776938.1
MTRISRRNTRDKTTVDAQSPNPRTRIPVTRSRRGFNRIINSTFTILFSIGILLIFIGFYMKNDFINLAKKTVKPRVVTPLPAPKLMDLPMFQGEHKESLYWGTYRPHIYFGIRARTPQSLLAGLMWLGVKDGRYVMRHVCQDSDELTTYGWTHHNGRDYGRQVLVDQKLVLTTSFLKSKDEESGYGGDWAFRIEAQNEVLNEEMEEIVHLFFYVADEGGTALGLGKGTSDNPDDFLLAFGSRNDVGNWQLHLESKESFEF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器