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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001920

染色体: Chr07 坐标: 16610623-16615066 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001920
名称SmilChr07G001920
描述F-box/kelch-repeat protein At1g67480
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向16610623 - 16615066 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995603
GeneID130995603
locus_tag-
NCBI NameLOC130995603
原始查询SmilChr07G001920

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box/kelch-repeat protein At1g67480
产物F-box/kelch-repeat protein At1g67480
ArabidopsisAT1G67480 (AT1G67480)
Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843069]
identity=62.1; qcov=0.889; evalue=3.67e-167; confidence=high
RiceOs02g0504900 (OsFbox091)
-
identity=64; qcov=0.957; evalue=4.03e-174; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00646 (F-box); PF01344 (Kelch_1); PF07646 (Kelch_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995603

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776940.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057776940.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776940.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776940.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776940.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:16610962 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:16610981 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:16611190 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr7:16611275 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:16611372 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:16611435 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776940.1
395 aa
N
1
198
395
F-box
Kelch_1
Kelch_1
Kelch_2
Kelch_1
Kelch_2
C
PF00646 F-box 60-98 aa PF01344 Kelch_1 147-195 aa PF01344 Kelch_1 197-242 aa PF07646 Kelch_2 198-237 aa PF01344 Kelch_1 248-289 aa PF07646 Kelch_2 248-289 aa
XP_057776941.1
395 aa
N
1
198
395
F-box
Kelch_1
Kelch_1
Kelch_2
Kelch_1
Kelch_2
C
PF00646 F-box 60-98 aa PF01344 Kelch_1 147-195 aa PF01344 Kelch_1 197-242 aa PF07646 Kelch_2 198-237 aa PF01344 Kelch_1 248-289 aa PF07646 Kelch_2 248-289 aa
XP_057776942.1
395 aa
N
1
198
395
F-box
Kelch_1
Kelch_1
Kelch_2
Kelch_1
Kelch_2
C
PF00646 F-box 60-98 aa PF01344 Kelch_1 147-195 aa PF01344 Kelch_1 197-242 aa PF07646 Kelch_2 198-237 aa PF01344 Kelch_1 248-289 aa PF07646 Kelch_2 248-289 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776940.1 Pfam PF00646 F-box Domain 60 98 9.4e-08 32.4 F-box domain
XP_057776940.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 147 195 7.6e-32 109.2 Kelch motif
XP_057776940.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 197 242 7.6e-32 109.2 Kelch motif
XP_057776940.1 Pfam PF07646 Kelch_2 Repeat 198 237 2.1e-19 69.1 Kelch motif
XP_057776940.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 248 289 7.6e-32 109.2 Kelch motif
XP_057776940.1 Pfam PF07646 Kelch_2 Repeat 248 289 2.1e-19 69.1 Kelch motif
XP_057776941.1 Pfam PF00646 F-box Domain 60 98 9.4e-08 32.4 F-box domain
XP_057776941.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 147 195 7.6e-32 109.2 Kelch motif
XP_057776941.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 197 242 7.6e-32 109.2 Kelch motif
XP_057776941.1 Pfam PF07646 Kelch_2 Repeat 198 237 2.1e-19 69.1 Kelch motif
XP_057776941.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 248 289 7.6e-32 109.2 Kelch motif
XP_057776941.1 Pfam PF07646 Kelch_2 Repeat 248 289 2.1e-19 69.1 Kelch motif
XP_057776942.1 Pfam PF00646 F-box Domain 60 98 9.4e-08 32.4 F-box domain
XP_057776942.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 147 195 7.6e-32 109.2 Kelch motif
XP_057776942.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 197 242 7.6e-32 109.2 Kelch motif
XP_057776942.1 Pfam PF07646 Kelch_2 Repeat 198 237 2.1e-19 69.1 Kelch motif
XP_057776942.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 248 289 7.6e-32 109.2 Kelch motif
XP_057776942.1 Pfam PF07646 Kelch_2 Repeat 248 289 2.1e-19 69.1 Kelch motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920957.1
TATTTTTTTCCAAAAGAGGCCTCCCACCCCCAATCTGTCGTCTCTCTCTTGAAGCTAGGGTACAAGAACGTGAAGCTGCATATTTCGGAGACAGGGTGGCCGTCGAAGGGGGACGCCGACGAGGCCGGAGCGTCGCCGGAGAATGCACAGATACAACGGGAACCTGCTGAAGCTGCTGAATCATAACAAGGGGACGCCGATGAGGCCCAACGTATTGAAGCCCGACGGCACGCCCGTCTATAGTCTCTCCAGCTCTAACA...
XM_057920958.1
TATTTTTTTCCAAAAGAGGCCTCCCACCCCCAATCTGTCGTCTCTCTCTTGAAGCTAGGGTACAAGAACGTGAAGCTGCATATTTCGGAGACAGGGTGGCCGTCGAAGGGGGACGCCGACGAGGCCGGAGCGTCGCCGGAGAATGCACAGATACAACGGGAACCTGCTGAAGCTGCTGAATCATAACAAGGGGACGCCGATGAGGCCCAACGTATTGAAGCCCGACGGCACGCCCGTCTATAGTCTCTCCAGCTCTAACA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130995603
ATGCCGGGTCCTATTTCTGTGAAGAGATTCAAAGAATCAGATATGTTCTATGACTCTTTTCAGCTAGATACTCCAACTGCAAAAGGTGGTTCTATCTTAGTACCTGAAGCTGTTAATGCTAAAAGCAAATCATTCTTAATTTCTGAGGTTGCTGATGATTATCATAGTCCCATCTTGCCTGGATTGCCCGATGATGTTTCAAAGCACTGCCTTGCTCTTGTTCCGCGTTCTTATGTTCCTGCCTTGGGTGCTGTTTCCAA...
LOC130995603
ATGCCGGGTCCTATTTCTGTGAAGAGATTCAAAGAATCAGATATGTTCTATGACTCTTTTCAGCTAGATACTCCAACTGCAAAAGGTGGTTCTATCTTAGTACCTGAAGCTGTTAATGCTAAAAGCAAATCATTCTTAATTTCTGAGGTTGCTGATGATTATCATAGTCCCATCTTGCCTGGATTGCCCGATGATGTTTCAAAGCACTGCCTTGCTCTTGTTCCGCGTTCTTATGTTCCTGCCTTGGGTGCTGTTTCCAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057776940.1
MPGPISVKRFKESDMFYDSFQLDTPTAKGGSILVPEAVNAKSKSFLISEVADDYHSPILPGLPDDVSKHCLALVPRSYVPALGAVSKRWRSFVKSKEFITVRKLAGMLEEWLYVLTVDAEGKESHWEVLDCFGHKRQELVPMPGPPKTGFSVVVLNGKLMVLAGYSMADGTACVSSDVYQYDSCLNCWRKLASMNVARYDFGCAEVNGMIYAVGGCGMDGESLSSVEVYDPEADKWTMIESLRRPRWGCFACGVEGKLYI...
XP_057776941.1
MPGPISVKRFKESDMFYDSFQLDTPTAKGGSILVPEAVNAKSKSFLISEVADDYHSPILPGLPDDVSKHCLALVPRSYVPALGAVSKRWRSFVKSKEFITVRKLAGMLEEWLYVLTVDAEGKESHWEVLDCFGHKRQELVPMPGPPKTGFSVVVLNGKLMVLAGYSMADGTACVSSDVYQYDSCLNCWRKLASMNVARYDFGCAEVNGMIYAVGGCGMDGESLSSVEVYDPEADKWTMIESLRRPRWGCFACGVEGKLYI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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