当前解析结果
SmilChr07G001938| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001938 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001938 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G001938 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 16785645 - 16786321 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130995617 |
|---|---|
| GeneID | 130995617 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995617 |
| 原始查询 | SmilChr07G001938 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | nuclear factor Y, subunit C13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834343]; symbol=NF-YC13; hit=AT5G43250; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | nuclear factor Y, subunit C13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834343]; symbol=NF-YC13; hit=AT5G43250; species=arabidopsis; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT5G43250 (NF-YC13)nuclear factor Y, subunit C13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834343] identity=60.2; qcov=0.861; evalue=2.29e-40; confidence=medium |
| Rice | Os01g0183400 (OsNF-YC13)- identity=42.1; qcov=1.02; evalue=1.17e-25; confidence=medium |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0046982 (protein heterodimerization activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00125 (Histone); PF00808 (CBFD_NFYB_HMF) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995617 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057776953.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 1.00000 | XP_057776953.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.80000 | XP_057776953.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057776953.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057776953.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:16785930 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A11,B28,B69 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776953.1PF00125
Histone 5-84 aa
PF00808
CBFD_NFYB_HMF 20-82 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776953.1 |
Pfam | PF00125 |
Histone | Domain | 5 | 84 | 4.8e-08 | 34.0 | Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain |
XP_057776953.1 |
Pfam | PF00808 |
CBFD_NFYB_HMF | Domain | 20 | 82 | 7.2e-17 | 62.1 | Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。