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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001938

染色体: Chr07 坐标: 16785645-16786321 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001938
名称SmilChr07G001938
描述uncharacterized SmilChr07G001938
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向16785645 - 16786321 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995617
GeneID130995617
locus_tag-
NCBI NameLOC130995617
原始查询SmilChr07G001938

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nuclear factor Y, subunit C13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834343]; symbol=NF-YC13; hit=AT5G43250; species=arabidopsis; confidence=medium
产物nuclear factor Y, subunit C13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834343]; symbol=NF-YC13; hit=AT5G43250; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G43250 (NF-YC13)
nuclear factor Y, subunit C13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834343]
identity=60.2; qcov=0.861; evalue=2.29e-40; confidence=medium
RiceOs01g0183400 (OsNF-YC13)
-
identity=42.1; qcov=1.02; evalue=1.17e-25; confidence=medium
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0046982 (protein heterodimerization activity)
KEGG-
PfamPF00125 (Histone); PF00808 (CBFD_NFYB_HMF)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995617

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776953.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057776953.1
3 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057776953.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776953.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776953.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:16785930 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B28,B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776953.1
137 aa
N
1
68
137
Histone
CBFD_NFYB_HMF
C
PF00125 Histone 5-84 aa PF00808 CBFD_NFYB_HMF 20-82 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776953.1 Pfam PF00125 Histone Domain 5 84 4.8e-08 34.0 Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain
XP_057776953.1 Pfam PF00808 CBFD_NFYB_HMF Domain 20 82 7.2e-17 62.1 Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920970.1
ACTGCAATGTTGTTCTCATACCGTTTTCGTCGACCAAATCTGCTATTTCCCGCCAAATTCCGCCCCCATCAACACAAATTCCCATCATCGTCACAGCAGGCAAAGCATCCCTACAATGGCAGAGCAAGAGGAAGGAGAAAACCCTGCCTCCATCGACGAGCTGCACAAGCTCGAGATCCCGACTCGACGAGTCAAGAACATCATGAAACTCGACAAGGATATCAACAAGGTCAACTCCGAAGCCCTGTTCCTCGTCGCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995617
ATGGCAGAGCAAGAGGAAGGAGAAAACCCTGCCTCCATCGACGAGCTGCACAAGCTCGAGATCCCGACTCGACGAGTCAAGAACATCATGAAACTCGACAAGGATATCAACAAGGTCAACTCCGAAGCCCTGTTCCTCGTCGCCTCCTCCACCCAGTTCTTCCTTCAGTTCCTCGCTGAGAAATCGGCGCACGCCGCCGTCGAGAAGAAGAGAAAAACTGTAACAGTCGAACACATTCGACTTGCTACCAAACGACACCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776953.1
MAEQEEGENPASIDELHKLEIPTRRVKNIMKLDKDINKVNSEALFLVASSTQFFLQFLAEKSAHAAVEKKRKTVTVEHIRLATKRHRPTADFLLDSLPMPPQPTEKNPPGDRAKSRPDKKPVPFATRSIDAFFQKTT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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