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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001942

染色体: Chr07 坐标: 16835805-16841396 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001942
名称SmilChr07G001942
描述meiosis-specific protein ASY1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向16835805 - 16841396 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995622
GeneID130995622
locus_tag-
NCBI NameLOC130995622
原始查询SmilChr07G001942

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述meiosis-specific protein ASY1
产物meiosis-specific protein ASY1
ArabidopsisAT1G67370 (ASY1)
DNA-binding HORMA family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843058]
identity=65.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0506800
-
identity=56.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF02301 (HORMA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995622

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776963.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057776963.1
3 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057776963.1
4 Nuclear body 核内小体 0.80000 XP_057776963.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776963.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:16838587 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:16838594 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr7:16838659 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C35,C57,C65
Chr7:16840299 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr7:16840479 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B15
Chr7:16840479 TGA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776963.1
608 aa
N
1
304
608
HORMA
C
PF02301 HORMA 17-222 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776963.1 Pfam PF02301 HORMA Domain 17 222 7e-64 215.9 HORMA domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920980.1
TAATGTAACCAAAGGTTTCTCAAAAAAAAAAAAACACACACACACACACAGGTTTCCTGTGTTGGATCATGTGCACAGTAACCAAGCGCAGAATATGCCCATCCTTCATACCGAAATTACAGATTTGCCCAGTCTTCACGTTCCCCATGCAGCCAAACTTACCGCAGTTATAAGCCATTCCAACTCTGGTTATTATGAACCTAACCACGGTTAATACCCGCAAAGATTTATATAAACCCCTCCTACTTCTCCCAGCTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995622
ATGGTGGTTGCGCAGAAAGTGAAGGAATCTGAGATCACAGAGCAGGACTCACTTCTTCTCACGAGGAATCTGTTGCGAATTGCCATATTCAATATCAGTTACATCAGAGGCCTTTTCCCTGATAAATATTTCAATGACAAGTCTGTTCCAGCTTTGGACATGAAAATTAAAAAGCTTATGCCTATGGATGCGGAATCACGTAGACTAATTGATTGGATGGAGAAAGGTGTTTATGATGCTTTACAGAAAAAATATCTTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776963.1
MVVAQKVKESEITEQDSLLLTRNLLRIAIFNISYIRGLFPDKYFNDKSVPALDMKIKKLMPMDAESRRLIDWMEKGVYDALQKKYLKTLLFCVCEAVNGPMIEEYSFSFSYSSSDSQEVSMNINRSGTKKGGTFKYDSTTEITPSQMRSSACKMVRTLIQLMRTLDKMPEERTVLMKLLYYDDVTPMDYEPPFFRGCTDEEAHNQWTKNPLKMEVGKVNSKHLVLALKVKSVLDPCEDENNDNQDDEISLEADSLQKDED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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