Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001945`

染色体: Chr07 坐标: 16869748-16871780 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001945`
名称	SmilChr07G001945
描述	F-box protein At1g67340-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	16869748 - 16871780 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995624`
GeneID	`130995624`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995624`
原始查询	`SmilChr07G001945`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box protein At1g67340-like
产物	F-box protein At1g67340-like
Arabidopsis	`AT1G67340` (AT1G67340) HCP-like superfamily protein with MYND-type zinc finger [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843055] identity=71.4; qcov=0.875; evalue=1.54e-171; confidence=high
Rice	`Os01g0921800` (OsFbox052) - identity=61.6; qcov=0.88; evalue=5.54e-121; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF01753 (zf-MYND); PF23310 (TPR_27)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995624

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057776964.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057776964.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776964.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057776964.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057776964.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:16870039`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B111
`Chr7:16870039`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B111
`Chr7:16870084`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B6
`Chr7:16870197`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr7:16870244`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr7:16870252`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B24,B33,B72,C53
`Chr7:16870347`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,A7,B34,C80
`Chr7:16870350`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:16870421`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A13,C11,C13,C69
`Chr7:16870512`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,A7,B34,C80
`Chr7:16870659`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,A7,C80
`Chr7:16870901`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B112

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776964.1

376 aa

188

376

TPR_27

zf-MYND

PF23310 TPR_27 111-178 aa PF01753 zf-MYND 310-350 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776964.1`	Pfam	`PF23310`	TPR_27	Repeat	111	178	6.1e-12	45.9	Plant tetratrico peptide repeats
`XP_057776964.1`	Pfam	`PF01753`	zf-MYND	Domain	310	350	1.2e-08	35.5	MYND finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920981.1
TATATTTCATATGTCGCCGTAGCTGTTGATGCCTCATTCCCTCTTTATCTCTAACCCCATATGCAAAGCCAAGGGGGCTAAGAAACGGTGAAGAATCTCACACTGGAAAAATCTAAATCTATTGTAGAATGAGAACGAGAAGAGGTCTGTGTTATCCGAAGGCGGCAGATTTCTGTGTGGACGATAGATTGCTCAAGAGAAGGAAAGTGGAGGCTGCTGCCGGAGTGCAAGTTGAAGGCCGGAAAAGGTCGCCGGAGTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995624
ATGAGAACGAGAAGAGGTCTGTGTTATCCGAAGGCGGCAGATTTCTGTGTGGACGATAGATTGCTCAAGAGAAGGAAAGTGGAGGCTGCTGCCGGAGTGCAAGTTGAAGGCCGGAAAAGGTCGCCGGAGTCGGGGGGACGACCTGATTTTTTTGATTCTCTGCCGGATGATCTAGTGCTGTCTGTTCTCTGCAAACTCAGCTCTACCGCTGGATGCCCAGCTGATTTCCTCAATGTTCTCATAACATGCAAAAGACTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776964.1
MRTRRGLCYPKAADFCVDDRLLKRRKVEAAAGVQVEGRKRSPESGGRPDFFDSLPDDLVLSVLCKLSSTAGCPADFLNVLITCKRLNGLGLNSIVLSKACRKMLAVKAKNWSESTHRFLKLCADTGNAEACYTLGMIRFYCLQNRGSGASLMAKAAIASHAPALYSLAVVQFNGSGGTKSDKDLRAGVALCARAAFLGHIDALRELGHCLQDGYGVKKNIAEGRRFLIQANARELAAVLVASPTAVVPPSWLAWSPHRHG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器