当前解析结果
SmilChr07G001950| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001950 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001950 |
| 描述 | chlorophyll a-b binding protein 7, chloroplastic-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 16978343 - 16979840 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995627 |
|---|---|
| GeneID | 130995627 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995627 |
| 原始查询 | SmilChr07G001950 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | chlorophyll a-b binding protein 7, chloroplastic-like |
| 产物 | chlorophyll a-b binding protein 7%2C chloroplastic-like |
| Arabidopsis | AT3G61470 (LHCA2)photosystem I light harvesting complex protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825320] identity=89.8; qcov=0.837; evalue=1.04e-150; confidence=high |
| Rice | Os07g0577600 (OJ1065_B06.19-1)- identity=77.7; qcov=1.01; evalue=6.43e-153; confidence=high |
| GO | GO:0009416 (response to light stimulus); GO:0009768 (photosynthesis, light harvesting in photosystem I); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | smil00196 (Photosynthesis - antenna proteins - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00504 (Chloroa_b-bind) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995627 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057776967.1 |
| 2 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 1.00000 | XP_057776967.1 |
| 3 | Chloroplast thylakoid membrane | 类囊体膜 | 1.00000 | XP_057776967.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057776967.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776967.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:16979390 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C1,C61 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776967.1PF00504
Chloroa_b-bind 74-240 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776967.1 |
Pfam | PF00504 |
Chloroa_b-bind | Family | 74 | 240 | 3.2e-54 | 184.5 | Chlorophyll A-B binding protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。