Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001972`

染色体: Chr07 坐标: 17267576-17275182 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001972`
名称	SmilChr07G001972
描述	uncharacterized SmilChr07G001972
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	17267576 - 17275182 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993903`
GeneID	`130993903`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993903`
原始查询	`SmilChr07G001972`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	TTF-type zinc finger protein with HAT dimerization domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838509]; symbol=AT1G19260; hit=AT1G19260; species=arabidopsis; confidence=high
产物	TTF-type zinc finger protein with HAT dimerization domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838509]; symbol=AT1G19260; hit=AT1G19260; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G19260` (AT1G19260) TTF-type zinc finger protein with HAT dimerization domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838509] identity=47.6; qcov=0.642; evalue=1.57e-139; confidence=high
Rice	`Os02g0301400` - identity=43.6; qcov=0.46; evalue=2.21e-82; confidence=medium
GO	GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF05699 (Dimer_Tnp_hAT); PF14291 (DUF4371)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993903

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057774921.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057774921.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774921.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774921.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057774921.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:17267589`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:17267628`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	23	A16,A25,B127,B130,B137,B18,B22,B23,B47,B50,B6,B85,C37,C38,C43,C5,C54,C56,C58,C6,C60,C62,D4
`Chr7:17267681`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	B123,B24,B33,B72,C7,C76
`Chr7:17267682`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B14,B140,B99,C77
`Chr7:17271727`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,B101
`Chr7:17271739`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B33,C53,C76
`Chr7:17271740`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B126,B96,C44,C5
`Chr7:17271752`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr7:17271815`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr7:17271816`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A3,B48,B53
`Chr7:17271863`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B79,C57
`Chr7:17271863`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B79,C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774921.1

729 aa

364

729

DUF4371

Dimer_Tnp_hAT

PF14291 DUF4371 159-395 aa PF05699 Dimer_Tnp_hAT 561-620 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774921.1`	Pfam	`PF14291`	DUF4371	Domain	159	395	1.2e-101	339.9	ZMYM1/FAM200, RNase-like domain
`XP_057774921.1`	Pfam	`PF05699`	Dimer_Tnp_hAT	Domain	561	620	1.1e-05	25.8	hAT family C-terminal dimerisation region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918938.1
ATGGTAGTAAATGCTGTTGAACGTACAAATAATTTTTTGAACTTTTGGGGGCTGAGGGGTTCAATGGTTGTTCATGTTCAACACAATTCCGCGCTGAACGTTGAACGAACGAACGCTAACCGAAATGGAAGGGGTGAATCTTCATCTGCTTCAATTGCATCTATTCGTGGAGCAAATGTAGAAGTTGAAACAAATTTTGAAGAATACGTTCGTGATCCCGGATTAAGGCGACCAATTGACGAATTTGATATTGCTATTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993903
ATGGTAGTAAATGCTGTTGAACGTACAAATAATTTTTTGAACTTTTGGGGGCTGAGGGGTTCAATGGTTGTTCATGTTCAACACAATTCCGCGCTGAACGTTGAACGAACGAACGCTAACCGAAATGGAAGGGGTGAATCTTCATCTGCTTCAATTGCATCTATTCGTGGAGCAAATGTAGAAGTTGAAACAAATTTTGAAGAATACGTTCGTGATCCCGGATTAAGGCGACCAATTGACGAATTTGATATTGCTATTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774921.1
MVVNAVERTNNFLNFWGLRGSMVVHVQHNSALNVERTNANRNGRGESSSASIASIRGANVEVETNFEEYVRDPGLRRPIDEFDIAIRDQIRREYLSMGPCQLVGHNYPKTQFGNQLRSFQYVWYQKFVWLEYSVAKDACFCFWCYLFKPEDKSSRYRTDVFTKTGFTNWKKALIKFVVHVGDADSCHNNARVQVEAFTDQRHSVANMFRSNARELDVAYRTRLTASLDVTRFLLKQGLPFRGHDESTTSLNRGNFLELLQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器