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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001985

染色体: Chr07 坐标: 17485428-17487198 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001985
名称SmilChr07G001985
描述uncharacterized SmilChr07G001985
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向17485428 - 17487198 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993909
GeneID130993909
locus_tag-
NCBI NameLOC130993909
原始查询SmilChr07G001985

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=33.3; qcov=0.397; evalue=4.31e-23; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
PfamPF24964 (DUF7769)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993909

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057774928.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057774928.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057774928.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774928.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774928.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:17485432 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr7:17485445 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B119,B95,C22
Chr7:17485446 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B2,B25,B74,C6
Chr7:17485479 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B35
Chr7:17485610 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B78,D1
Chr7:17485610 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,D1
Chr7:17485611 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C63,C87
Chr7:17485658 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A20,B107,B5,B62,B76,C60
Chr7:17485673 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B103,C44,C87
Chr7:17485715 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B45
Chr7:17485715 TGA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B45
Chr7:17485749 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774928.1
423 aa
N
1
212
423
DUF7769
C
PF24964 DUF7769 6-60 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774928.1 Pfam PF24964 DUF7769 Domain 6 60 1.1e-09 38.5 Domain of unknown function (DUF7769)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918945.1
ATGCGGCGCAAGGATCTAACAACGGGAGAGAGAAACTCCGTAGTGCAGTTTTTGCTTGAAGATAGCCATGGTGGGAAGCCAAAAAGGGGCAGAATGCAGGCTGCCGCTGTCAAGTTTGCCGTTTGCCGTCGAACGGTGAATCGTTTATGGACTGCTGCAAAAAAACAGCAAACACAAGGTCAGTATATTCATAGTAGCAGTGGCAAAATCAACAAGTCAAGGCGCAAGAGAGTTGAAATAGATCTTCAATTAATTTCAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993909
ATGCGGCGCAAGGATCTAACAACGGGAGAGAGAAACTCCGTAGTGCAGTTTTTGCTTGAAGATAGCCATGGTGGGAAGCCAAAAAGGGGCAGAATGCAGGCTGCCGCTGTCAAGTTTGCCGTTTGCCGTCGAACGGTGAATCGTTTATGGACTGCTGCAAAAAAACAGCAAACACAAGGTCAGTATATTCATAGTAGCAGTGGCAAAATCAACAAGTCAAGGCGCAAGAGAGTTGAAATAGATCTTCAATTAATTTCAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774928.1
MRRKDLTTGERNSVVQFLLEDSHGGKPKRGRMQAAAVKFAVCRRTVNRLWTAAKKQQTQGQYIHSSSGKINKSRRKRVEIDLQLISTLELSKRSTIRRLASGISCSKSTVGRWISKGLIMAHTSAIKPDLTAPNKLLRLRFSLEAIEYDRILKVLQFKSMHNTVHIDEKWFYITKSNHRPLIVEDGTVLFDGKIGIFPFTEYVPAKRSSKNREAGTLEQKPIQSITKEIIPAIKAKWPQFASRVIFIQQDNAKPHIKDSD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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