当前解析结果
SmilChr07G001985| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001985 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001985 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G001985 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 17485428 - 17487198 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130993909 |
|---|---|
| GeneID | 130993909 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993909 |
| 原始查询 | SmilChr07G001985 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=33.3; qcov=0.397; evalue=4.31e-23; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF24964 (DUF7769) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993909 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057774928.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057774928.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057774928.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057774928.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057774928.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:17485432 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B98 |
Chr7:17485445 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B119,B95,C22 |
Chr7:17485446 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B2,B25,B74,C6 |
Chr7:17485479 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A18,B35 |
Chr7:17485610 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B78,D1 |
Chr7:17485610 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B78,D1 |
Chr7:17485611 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C63,C87 |
Chr7:17485658 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 6 | A20,B107,B5,B62,B76,C60 |
Chr7:17485673 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A14,B103,C44,C87 |
Chr7:17485715 |
TGA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B45 |
Chr7:17485715 |
TGA |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B45 |
Chr7:17485749 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B68 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774928.1PF24964
DUF7769 6-60 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774928.1 |
Pfam | PF24964 |
DUF7769 | Domain | 6 | 60 | 1.1e-09 | 38.5 | Domain of unknown function (DUF7769) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。