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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001989

染色体: Chr07 坐标: 17549038-17550004 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001989
名称SmilChr07G001989
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 8-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向17549038 - 17550004 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993910
GeneID130993910
locus_tag-
NCBI NameLOC130993910
原始查询SmilChr07G001989

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 8-like
产物heavy metal-associated isoprenylated plant protein 8-like
ArabidopsisAT3G02960 (AT3G02960)
Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821172]
identity=33; qcov=1.22; evalue=1.94e-30; confidence=low
RiceOs10g0209700
-
identity=33.5; qcov=0.959; evalue=2.34e-19; confidence=low
GOGO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
PfamPF00403 (HMA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993910

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057774929.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057774929.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057774929.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774929.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774929.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:17549545 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr7:17549792 AGG A 2bp_deletion frameshift_variant 8 B13,B133,B134,B16,B70,C2,C34,C56
Chr7:17549795 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B8,C58
Chr7:17549983 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,B140,C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774929.1
171 aa
N
1
86
171
HMA
HMA
C
PF00403 HMA 13-67 aa PF00403 HMA 66-118 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774929.1 Pfam PF00403 HMA Domain 13 67 8.4e-19 68.4 Heavy-metal-associated domain
XP_057774929.1 Pfam PF00403 HMA Domain 66 118 8.4e-19 68.4 Heavy-metal-associated domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918946.1
ATGGAAGACTATCCAAATGGAGTGATCATTTTGCGCGTTTATATTCATTGTGATGGCTGCCGAGATGAAGTGCTCAAATATCTTCGTGGATACCAAGGTGTTGAGGGGGTTGAGATTGATGCCAAGAATCAGAAAGTGATAGTTAAGGGAGAAAACGCCGATCCTATCAAACCTCCTAATGTGATTGAAACTGTCTTGAAAATCAACATGCTTTGCGATGGCTGCGCGAAAGAGGTCAAGTGTTGCATCCACGGCATGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993910
ATGGAAGACTATCCAAATGGAGTGATCATTTTGCGCGTTTATATTCATTGTGATGGCTGCCGAGATGAAGTGCTCAAATATCTTCGTGGATACCAAGGTGTTGAGGGGGTTGAGATTGATGCCAAGAATCAGAAAGTGATAGTTAAGGGAGAAAACGCCGATCCTATCAAACCTCCTAATGTGATTGAAACTGTCTTGAAAATCAACATGCTTTGCGATGGCTGCGCGAAAGAGGTCAAGTGTTGCATCCACGGCATGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774929.1
MEDYPNGVIILRVYIHCDGCRDEVLKYLRGYQGVEGVEIDAKNQKVIVKGENADPIKPPNVIETVLKINMLCDGCAKEVKCCIHGMEGVQMVDVDVENNLVRVKGSMDPHELVELISKNGGRNAEIVEQIDEEFINGEREGDCCHCYCYASQLVYEPQLFSDEDPNSCSVV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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