当前解析结果
SmilChr07G002004| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002004 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002004 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G002004 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 17785632 - 17786597 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993916 |
|---|---|
| GeneID | 130993916 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993916 |
| 原始查询 | SmilChr07G002004 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os08g0315200- identity=33.7; qcov=0.564; evalue=1.13e-22; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00098 (zf-CCHC); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF19259 (Ty3_capsid) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993916 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057774935.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057774935.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057774935.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774935.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057774935.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:17785674 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr7:17785681 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B119,C67 |
Chr7:17785706 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B72 |
Chr7:17785724 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B129,B3,B65,C17,C36 |
Chr7:17785740 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B53,B85,C36,C38,C8 |
Chr7:17785765 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 42 | A24,A4,B103,B104,B105,B106,B11,B114,B119,B120,B125,B129,B134,B22,B26,B28,B34,B40,B46,B53,B66,B74,B78,B79,B84,B85,C1,C12,C24,C35,C36,C38,C39,C45,C49,C53,C59,C62,C69,C8,C82,C85 |
Chr7:17785772 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B108,B64,C24,C63 |
Chr7:17785782 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 18 | A8,B103,B110,B113,B125,B2,B20,B66,B79,B89,B90,B92,B99,C10,C15,C56,C76,C8 |
Chr7:17785783 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A13,B108,C39,C59 |
Chr7:17785799 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B38,B39,C19,C31 |
Chr7:17785818 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B39,C19,C31 |
Chr7:17785850 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A1,A24,B30,C20,C76 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774935.1PF19259
Ty3_capsid 23-212 aa
PF03732
PEG10_N-capsid 27-107 aa
PF00098
zf-CCHC 257-272 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774935.1 |
Pfam | PF19259 |
Ty3_capsid | Domain | 23 | 212 | 8.3e-09 | 35.9 | Ty3 transposon capsid-like protein |
XP_057774935.1 |
Pfam | PF03732 |
PEG10_N-capsid | Domain | 27 | 107 | 4.7e-13 | 50.0 | Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain |
XP_057774935.1 |
Pfam | PF00098 |
zf-CCHC | Domain | 257 | 272 | 4.1e-06 | 27.4 | Zinc knuckle |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。