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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002016

染色体: Chr07 坐标: 17981088-17984714 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002016
名称SmilChr07G002016
描述zinc finger protein CONSTANS-LIKE 14-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向17981088 - 17984714 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991172
GeneID130991172
locus_tag-
NCBI NameLOC130991172
原始查询SmilChr07G002016

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger protein CONSTANS-LIKE 14-like
产物zinc finger protein CONSTANS-LIKE 14-like
ArabidopsisAT2G33500 (BBX12)
B-box type zinc finger protein with CCT domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817915]
identity=44.1; qcov=1.04; evalue=3.07e-102; confidence=medium
RiceOs08g0536300 (OsBBX26)
-
identity=36.6; qcov=1.11; evalue=7.02e-67; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF00643 (zf-B_box); PF06203 (CCT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991172

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771240.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771240.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771240.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771240.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057771240.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:17981637 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,C39,C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771240.1
430 aa
N
1
215
430
zf-B_box
CCT
C
PF00643 zf-B_box 44-89 aa PF06203 CCT 382-424 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771240.1 Pfam PF00643 zf-B_box Domain 44 89 1.3e-11 45.1 B-box zinc finger
XP_057771240.1 Pfam PF06203 CCT Motif 382 424 6.6e-17 62.0 CCT motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915257.1
AAGTTTTATTAGGAGTATGTTATTACTACTATCAATCAAGTCCACTGTGTTGAGTGAATAATTAATTATATATAAATAACTAGAGCTTCTTCATCATCCTCCTCTAGCTGCAAATCTCTGCCACCAACACTCTCCCCAAGCAAATCAACGTTTTAAATCTACCAATTTCATGAAATACAATCCATATGTCCCTTCATTTTGTTTCCTTGTTTGGAAGGTTTGGTAGAAATCTAATACTCCAAAATCCACTATCTGGTGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991172
ATGGTTTCGTGTGATTTCTGTGGCGAGCGGCAGGCGATACTCTACTGCCGCGCGGACAGCGCCAAGCTCTGCCTCTCATGTGACCAGCACGTGCACTGCGCCAACGCCCTCTCAAAGAAGCATCTCCGCTCCCAGATCTGCGACAACTGCGCCGCCGAGCCGGCGTCCTTCCGCTGCTCCACCGACGGCCTCGTGCTCTGCCAGGATTGCGATTGGGACGCGCACGGCAGCCGCCTCGTGGCCGCCGCCCACGATCGCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771240.1
MVSCDFCGERQAILYCRADSAKLCLSCDQHVHCANALSKKHLRSQICDNCAAEPASFRCSTDGLVLCQDCDWDAHGSRLVAAAHDRCPIDSFSGCPSAFELAAAWGLEIEEKKPASCEWGGLLEELMVPNASSMIYSDCGGELVKKKKNPSCGKQKQVILKQLIELIADGGGGDGEDVGPGTPSGGAWRQESFCGQYEEQPQEQQQELPQGGGFTSLLMLQTPANQKEERNMLWNTTACDHSAQIWDFNLGQLRGHEESS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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