当前解析结果
SmilChr07G002016| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002016 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002016 |
| 描述 | zinc finger protein CONSTANS-LIKE 14-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 17981088 - 17984714 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130991172 |
|---|---|
| GeneID | 130991172 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991172 |
| 原始查询 | SmilChr07G002016 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | zinc finger protein CONSTANS-LIKE 14-like |
| 产物 | zinc finger protein CONSTANS-LIKE 14-like |
| Arabidopsis | AT2G33500 (BBX12)B-box type zinc finger protein with CCT domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817915] identity=44.1; qcov=1.04; evalue=3.07e-102; confidence=medium |
| Rice | Os08g0536300 (OsBBX26)- identity=36.6; qcov=1.11; evalue=7.02e-67; confidence=medium |
| GO | GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00643 (zf-B_box); PF06203 (CCT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991172 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057771240.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771240.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771240.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057771240.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057771240.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:17981637 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B2,C39,C60 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771240.1PF00643
zf-B_box 44-89 aa
PF06203
CCT 382-424 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771240.1 |
Pfam | PF00643 |
zf-B_box | Domain | 44 | 89 | 1.3e-11 | 45.1 | B-box zinc finger |
XP_057771240.1 |
Pfam | PF06203 |
CCT | Motif | 382 | 424 | 6.6e-17 | 62.0 | CCT motif |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。