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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002041

染色体: Chr07 坐标: 18517892-18520362 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002041
名称SmilChr07G002041
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g13270, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向18517892 - 18520362 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993120
GeneID130993120
locus_tag-
NCBI NameLOC130993120
原始查询SmilChr07G002041

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g13270, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g13270%2C chloroplastic
ArabidopsisAT5G13270 (RARE1)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831168]
identity=51.9; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0552300 (PPS1)
-
identity=33.4; qcov=1.05; evalue=1.99e-159; confidence=low
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993120

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057773856.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057773856.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773856.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773856.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773856.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:18518296 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A13
Chr7:18518300 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B140,B52,B98,C55
Chr7:18518414 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,C15,C2,C21
Chr7:18518652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B52,B98,C55
Chr7:18518682 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,A7,B13,C80
Chr7:18518733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:18518756 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,C73
Chr7:18518819 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr7:18518883 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:18518931 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A25
Chr7:18518967 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B140,B52,B98,C55
Chr7:18518968 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773856.1
742 aa
N
1
371
742
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 117-144 aa PF01535 PPR 147-176 aa PF01535 PPR 223-246 aa PF13041 PPR_2 244-292 aa PF01535 PPR 247-276 aa PF01535 PPR 348-377 aa PF01535 PPR 421-443 aa PF13041 PPR_2 446-494 aa PF01535 PPR 449-479 aa PF13812 PPR_3 470-524 aa PF01535 PPR 484-510 aa PF01535 PPR 516-540 aa PF20431 E_motif 559-620 aa PF14432 DYW_deaminase 665-742 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773856.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 117 144 8e-57 186.3 PPR repeat
XP_057773856.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 147 176 8e-57 186.3 PPR repeat
XP_057773856.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 223 246 8e-57 186.3 PPR repeat
XP_057773856.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 244 292 1.1e-59 199.0 PPR repeat family
XP_057773856.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 247 276 8e-57 186.3 PPR repeat
XP_057773856.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 348 377 8e-57 186.3 PPR repeat
XP_057773856.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 421 443 8e-57 186.3 PPR repeat
XP_057773856.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 446 494 1.1e-59 199.0 PPR repeat family
XP_057773856.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 449 479 8e-57 186.3 PPR repeat
XP_057773856.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 470 524 2.5e-19 69.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057773856.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 484 510 8e-57 186.3 PPR repeat
XP_057773856.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 516 540 8e-57 186.3 PPR repeat
XP_057773856.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 559 620 7.3e-16 58.9 E motif
XP_057773856.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 665 742 4.1e-30 104.2 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917873.1
ATGCCGACTCTCCACTTACTTAATTCGACTTTCTCACAAGCGTCAATGCTTCACGCTGATAAATTCCAGCATGCAAATTTCACCAAAATCCCCTCATGGGTATCCCTCAAATCCAACAATTTTTCCATCACTCATCGCGGCGAGCTCGAAAACGTCCATTTAGTTTCCCTTTCCAAACAGGATAAACTCAAAGAAGCCCATGATTACCTTCTCCATATGCACCGTTTCAATATCCCCGTGGCTCCTCAATCGTATAAGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993120
ATGCCGACTCTCCACTTACTTAATTCGACTTTCTCACAAGCGTCAATGCTTCACGCTGATAAATTCCAGCATGCAAATTTCACCAAAATCCCCTCATGGGTATCCCTCAAATCCAACAATTTTTCCATCACTCATCGCGGCGAGCTCGAAAACGTCCATTTAGTTTCCCTTTCCAAACAGGATAAACTCAAAGAAGCCCATGATTACCTTCTCCATATGCACCGTTTCAATATCCCCGTGGCTCCTCAATCGTATAAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773856.1
MPTLHLLNSTFSQASMLHADKFQHANFTKIPSWVSLKSNNFSITHRGELENVHLVSLSKQDKLKEAHDYLLHMHRFNIPVAPQSYKLLLETCSKLKSLKFGKLIHRGLTENPPDFLVNCVLEMYCACGSLSDARKLFDEMPKRSIGSWVIIISAYAAEGLLEDALESYLRMQESNFKPNPYIYICLLKSFSESSYLEIGKQMHCRVIKAGFTNNVAMNAAVCNMYVKCGHLDCAERFFSLMQEKNVVSYTTMMVGCAQAK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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