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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002043

染色体: Chr07 坐标: 18525935-18527535 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002043
名称SmilChr07G002043
描述uncharacterized SmilChr07G002043
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向18525935 - 18527535 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993125
GeneID130993125
locus_tag-
NCBI NameLOC130993125
原始查询SmilChr07G002043

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os10g0466100; species=rice; confidence=high
产物hit=Os10g0466100; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT3G23255 (AT3G23255)
tRNA dimethylallyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5008023]
identity=54.9; qcov=1; evalue=7.78e-83; confidence=high
RiceOs10g0466100
-
identity=53.5; qcov=0.983; evalue=1.2e-84; confidence=high
GOGO:0000724 (double-strand break repair via homologous recombination); GO:0003697 (single-stranded DNA binding); GO:0097196 (Shu complex)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993125

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057773870.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057773870.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057773870.1
4 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057773870.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773870.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:18526394 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,B66
Chr7:18526418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,B66
Chr7:18526669 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B81,C45
Chr7:18527086 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B8,C58
Chr7:18527230 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917887.1
AATTACTAAATATTGAAAATGAAGGTATCGGATAAATTTTTAATTAAAATTATAGTATAAAACGGTGTGGTTTAAATCCCACACGAAGTTATTAATCCATGCAAACGACGTCGAAAGCATTTTGTTGCATTACCCAATAAAAGTCGTTGCAAATTTTAAAGATGCGCGGAAAATAAATGAAGAAGAAATAGCGTTAAATTTGAAAAGTTGGTGGAAATTGGGGTTGGGTTCTTTTTTGATAGCAAAAATGGTGGAGAGGT...
XM_057917888.1
CTAAATATTGAAAATGAAGGTATCGGATAAATTTTTAATTAAAATTATAGTATAAAACGGTGTGGTTTAAATCCCACACGAAGTTATTAATCCATGCAAACGACGTCGAAAGCATTTTGTTGCATTACCCAATAAAAGTCGTTGCAAATTTTAAAGATGCGCGGAAAATAAATGAAGAAGAAATAGCGTTAAATTTGAAAAGTTGGTGGAAATTGGGGTTGGGTTCTTTTTTGATAGCAAAAATGGTGGAGAGGTTTTTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130993125
ATGGTGGAGAGGTTTTTCTTAACAGGCAGCAGGAAATTTGAGATTGGGGATGCCATCAGCATTCTCTCTGGGCCGCCTTGCTCCGGCAAAACCTCGTTGCTTTTCCAGTTCGCATTCAACTCCGCAGAAAAGGGCAATGCGGTACTTCTCTTGTGCCACCGCCGCACCCTACAATCCAACCCTCCTTTCCTCTCTCAGGGTGTAGATCCATCTTCCGATATTTTCCGCAGAATTCAAATCAAGTATGTGGATGATGATGA...
LOC130993125
ATGGTGGAGAGGTTTTTCTTAACAGGCAGCAGGAAATTTGAGATTGGGGATGCCATCAGCATTCTCTCTGGGCCGCCTTGCTCCGGCAAAACCTCGTTGCTTTTCCAGTTCGCATTCAACTCCGCAGAAAAGGGCAATGCGGTACTTCTCTTGTGCCACCGCCGCACCCTACAATCCAACCCTCCTTTCCTCTCTCAGGGTGTAGATCCATCTTCCGATATTTTCCGCAGAATTCAAATCAAGTATGTGGATGATGATGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057773870.1
MVERFFLTGSRKFEIGDAISILSGPPCSGKTSLLFQFAFNSAEKGNAVLLLCHRRTLQSNPPFLSQGVDPSSDIFRRIQIKYVDDDEGIKNYFAAFHLHPTFPTSIIVDNFGHFFNERNCQERYNNPRGREVAIVRVLALCRNAITHANKSSRCELLLSDTHKGDTPRLLYIYKRWASCIYTIKEGAGPGPGSFVVRKTYSNVANAKPTSSAKYSIALQYLILEGLVEESDHHTKIS
XP_057773871.1
MVERFFLTGSRKFEIGDAISILSGPPCSGKTSLLFQFAFNSAEKGNAVLLLCHRRTLQSNPPFLSQGVDPSSDIFRRIQIKYVDDDEGIKNYFAAFHLHPTFPTSIIVDNFGHFFNERNCQERYNNPRGREVAIVRVLALCRNAITHANKSSRCELLLSDTHKGDTPRLLYIYKRWASCIYTIKGAGPGPGSFVVRKTYSNVANAKPTSSAKYSIALQYLILEGLVEESDHHTKIS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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