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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002046

染色体: Chr07 坐标: 18573459-18576065 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002046
名称SmilChr07G002046
描述jasmonate-induced oxygenase 4
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向18573459 - 18576065 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993129
GeneID130993129
locus_tag-
NCBI NameLOC130993129
原始查询SmilChr07G002046

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述jasmonate-induced oxygenase 4
产物jasmonate-induced oxygenase 4
ArabidopsisAT4G16330 (AT4G16330)
2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827327]
identity=64.8; qcov=0.883; evalue=1.24e-146; confidence=high
RiceOs06g0162500
-
identity=57.5; qcov=1.02; evalue=4.11e-131; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF03171 (2OG-FeII_Oxy); PF14226 (DIOX_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993129

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057773876.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057773876.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057773876.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773876.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773876.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:18573797 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B11,B114,B17,C30
Chr7:18573811 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B11,B138,B31,D8
Chr7:18574476 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C45
Chr7:18574524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B66,C30,D1
Chr7:18574701 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B119,B122,B81,C63,C87
Chr7:18574891 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B66,C30,D1
Chr7:18574936 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B66,C30,D1
Chr7:18574976 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 4 A20,B66,C30,D1
Chr7:18574976 G GT 1bp_insertion CDS_variant 4 A20,B66,C30,D1
Chr7:18575032 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,B45
Chr7:18575042 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,B45
Chr7:18575151 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B14,C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773876.1
344 aa
N
1
172
344
DIOX_N
2OG-FeII_Oxy
C
PF14226 DIOX_N 50-156 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 205-300 aa
XP_057773877.1
341 aa
N
1
170
341
DIOX_N
2OG-FeII_Oxy
C
PF14226 DIOX_N 47-153 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 202-297 aa
XP_057773878.1
341 aa
N
1
170
341
DIOX_N
2OG-FeII_Oxy
C
PF14226 DIOX_N 47-153 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 202-297 aa
XP_057773879.1
341 aa
N
1
170
341
DIOX_N
2OG-FeII_Oxy
C
PF14226 DIOX_N 47-153 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 202-297 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773876.1 Pfam PF14226 DIOX_N Family 50 156 2.4e-23 83.7 non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
XP_057773876.1 Pfam PF03171 2OG-FeII_Oxy Domain 205 300 1.5e-29 103.0 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily
XP_057773877.1 Pfam PF14226 DIOX_N Family 47 153 2.4e-23 83.7 non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
XP_057773877.1 Pfam PF03171 2OG-FeII_Oxy Domain 202 297 1.5e-29 103.0 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily
XP_057773878.1 Pfam PF14226 DIOX_N Family 47 153 2.4e-23 83.7 non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
XP_057773878.1 Pfam PF03171 2OG-FeII_Oxy Domain 202 297 1.5e-29 103.0 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily
XP_057773879.1 Pfam PF14226 DIOX_N Family 47 153 2.4e-23 83.7 non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
XP_057773879.1 Pfam PF03171 2OG-FeII_Oxy Domain 202 297 1.5e-29 103.0 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917895.1
TGATATTATATGCAATTAAATCTTTATTTAAATGGTGCTCTGACTGAGAGAGACGAACGACTTCTTTGATCTTTTTCTATTTATGAGAAAACGCTGTTTGAGAAGGTCGCATTTTCGCTGATTTCGGTTTCCCCTTGCTTCATTGTATCGTCTTGTCTCCAAATCTCACCACCTATTGGAACAGTAATTAGTTATGGAAGTTGTGGGTACTCAAATCAGAGTGCAGTCCTTGGTTGGTGAAAAGGCAGTGCCGCCTGAAT...
XM_057917893.1
CATTTTCGCTGATTTCGGTTTCCCCTTGCTTCATTGTATCGTCTTGTCTCCAAATCTCACCACCTATTGGAACAGTAATTAGGTTCGCATTTCAATATAGCATCCAAAATACTATTTTTGTTGGACCTTTTCTCATGACAGTTATGGAAGTTGTGGGTACTCAAATCAGAGTGCAGTCCTTGGTTGGTGAAAAGGCAGTGCCGCCTGAATATGTGCAGCCACTCGAGAGTAGAACTCAACGTGTTGTTGGATATAGAAAT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130993129
ATGACAGTTATGGAAGTTGTGGGTACTCAAATCAGAGTGCAGTCCTTGGTTGGTGAAAAGGCAGTGCCGCCTGAATATGTGCAGCCACTCGAGAGTAGAACTCAACGTGTTGTTGGATATAGAAATGATATTGATGAGCCATCCCCGCCTGTTATTGACCTTAGTGATGGCAACTCGGTTCATGAGCAACTGGGGCGCGCCTGCAGAGATTGGGGAGCGTTCCATGTGATCAACCATGGTGTTCCCGTTGAATTGTTGGA...
LOC130993129
ATGGAAGTTGTGGGTACTCAAATCAGAGTGCAGTCCTTGGTTGGTGAAAAGGCAGTGCCGCCTGAATATGTGCAGCCACTCGAGAGTAGAACTCAACGTGTTGTTGGATATAGAAATGATATTGATGAGCCATCCCCGCCTGTTATTGACCTTAGTGATGGCAACTCGGTTCATGAGCAACTGGGGCGCGCCTGCAGAGATTGGGGAGCGTTCCATGTGATCAACCATGGTGTTCCCGTTGAATTGTTGGAAGATATTAG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057773876.1
MTVMEVVGTQIRVQSLVGEKAVPPEYVQPLESRTQRVVGYRNDIDEPSPPVIDLSDGNSVHEQLGRACRDWGAFHVINHGVPVELLEDIRRLSRSFFEDCSMDQKLSYACDPNSPASEGYGSRMLVASNDTVLDWRDYYDHHTLPLSRRNPSKWPHFSPNYRKVIADYSDQMNALAEKLLCLISESLGLPSSCIKDAIGEFYQNITASYYPPCPQPELTLGLQSHSDMGGITLLIQDDVGGLEVFKDGKWVLVNPLCDAI...
XP_057773877.1
MEVVGTQIRVQSLVGEKAVPPEYVQPLESRTQRVVGYRNDIDEPSPPVIDLSDGNSVHEQLGRACRDWGAFHVINHGVPVELLEDIRRLSRSFFEDCSMDQKLSYACDPNSPASEGYGSRMLVASNDTVLDWRDYYDHHTLPLSRRNPSKWPHFSPNYRKVIADYSDQMNALAEKLLCLISESLGLPSSCIKDAIGEFYQNITASYYPPCPQPELTLGLQSHSDMGGITLLIQDDVGGLEVFKDGKWVLVNPLCDAILVI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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