当前解析结果
SmilChr07G002057| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002057 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002057 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G002057 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 18714072 - 18716022 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993140 |
|---|---|
| GeneID | 130993140 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993140 |
| 原始查询 | SmilChr07G002057 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | integral membrane family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839708]; symbol=AT1G28140; hit=AT1G28140; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | integral membrane family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839708]; symbol=AT1G28140; hit=AT1G28140; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT1G28140 (AT1G28140)integral membrane family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839708] identity=66.7; qcov=0.943; evalue=4.76e-114; confidence=high |
| Rice | Os03g0850600- identity=70.9; qcov=0.813; evalue=1.99e-97; confidence=high |
| GO | GO:0009507 (chloroplast) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF10063 (DUF2301) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993140 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057773902.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 1.00000 | XP_057773902.1 |
| 3 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 0.60000 | XP_057773902.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057773902.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773902.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:18714524 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B21 |
Chr7:18714616 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B10,B95,C41,C74 |
Chr7:18714646 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr7:18714945 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C15,C21 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773902.1PF10063
DUF2301 120-258 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773902.1 |
Pfam | PF10063 |
DUF2301 | Family | 120 | 258 | 3.6e-55 | 186.8 | Uncharacterized integral membrane protein (DUF2301) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。