Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002066

染色体: Chr07 坐标: 18778418-18784300 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002066
名称SmilChr07G002066
描述uncharacterized SmilChr07G002066
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向18778418 - 18784300 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993147
GeneID130993147
locus_tag-
NCBI NameLOC130993147
原始查询SmilChr07G002066

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述no exine formation 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831180]; symbol=NEF1; hit=AT5G13390; species=arabidopsis; confidence=high
产物no exine formation 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831180]; symbol=NEF1; hit=AT5G13390; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G13390 (NEF1)
no exine formation 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831180]
identity=68.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0528200 (Os)
-
identity=62.4; qcov=0.312; evalue=5.06e-148; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993147

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057773910.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057773910.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057773910.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057773910.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773910.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:18779042 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,B31
Chr7:18779063 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B105,C50,C65
Chr7:18779134 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C27,C46,C83
Chr7:18779217 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B61,C46,C83,D10
Chr7:18779266 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr7:18779308 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:18779362 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:18779438 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr7:18779523 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr7:18779602 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B136,B30,B85,C79,D9
Chr7:18779752 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr7:18779818 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917927.1
TCGATTATGGAATTTAATGCCATCACAAAAGTCTAATCAGAGCTCAGACTTTTGACTCCATTTCTTTCACTCACTCCGATCCCATCACGAAACCTTTCGCCGCCGCCGGCCAAATGCTGCCGCCGGAGCTCCAGCCCCGGGCTTTCCGCCCTTACATCTCCCCCTCCTCCAGCGCTCCCTCATTCGCCACCACCTCCTCCTCCTCCTATAACGGAGAGCAAAACCCTAACCCTAGCCCTCCGACATCCTTATATTACGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993147
ATGCTGCCGCCGGAGCTCCAGCCCCGGGCTTTCCGCCCTTACATCTCCCCCTCCTCCAGCGCTCCCTCATTCGCCACCACCTCCTCCTCCTCCTATAACGGAGAGCAAAACCCTAACCCTAGCCCTCCGACATCCTTATATTACGGCGGAGCAGCCGGAAGCGGCCGCCGGTCCAGCTCCTCTATGAAGAACTCTCGATTCTCCCCTTCCTCCTTCGTCCACAACGCCAGAATCGCCGTCGCACTCGTTCCGTCCGCAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773910.1
MLPPELQPRAFRPYISPSSSAPSFATTSSSSYNGEQNPNPSPPTSLYYGGAAGSGRRSSSSMKNSRFSPSSFVHNARIAVALVPSAAFLLDLGGAPVVATLVVGLMVAYILDSLNFKSGSFFAVWFTLIAAQITFFFSSSLYYTFNYVSLALLAALTCALANFLIGVWVSLQFKWIQIEHPTIVLALERLLFASVPLIASTLFTWATVSAVGMSNAAYYLMVFNCIFYWLYSVPRVSSFKLKQEVNFHGGEVPEDSFILG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器