Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002068`

染色体: Chr07 坐标: 18804770-18806892 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002068`
名称	SmilChr07G002068
描述	protein DETOXIFICATION 33-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	18804770 - 18806892 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993151`
GeneID	`130993151`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993151`
原始查询	`SmilChr07G002068`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein DETOXIFICATION 33-like
产物	protein DETOXIFICATION 33-like
Arabidopsis	`AT1G47530` (AT1G47530) MATE efflux family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841162] identity=55.2; qcov=0.929; evalue=1.42e-74; confidence=high
Rice	`Os03g0626700` - identity=62.3; qcov=0.916; evalue=2.73e-87; confidence=high
GO	GO:0015297 (antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0042910 (xenobiotic transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF01554 (MatE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993151

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057773912.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	0.60000	`XP_057773912.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057773912.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773912.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773912.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:18805260`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B1,B71,C21,C39
`Chr7:18805263`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B31,C30,C43
`Chr7:18805283`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	138	A10,A11,A13,A14,A16,A18,A19,A2,A23,A24,A3,A4,A7,A9,B1,B10,B102,B103,B104,B106,B108,B110,B111,B113,B117,B118,B12,B120,B121,B122,B126,B13,B131,B132,B133,B135,B137,B139,B140,B15,B18,B2,B20,B23,B24,B28,B3,B31,B37,B4,B40,B41,B43,B46,B47,B48,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B60,B61,B64,B68,B69,B71,B74,B75,B76,B80,B81,B82,B83,B85,B86,B89,B90,B91,B92,B93,B94,B96,B98,B99,C1,C11,C16,C18,C19,C20,C21,C23,C29,C3,C30,C32,C33,C35,C37,C39,C4,C43,C46,C48,C50,C51,C52,C55,C56,C6,C61,C62,C63,C65,C68,C69,C7,C70,C71,C75,C76,C77,C79,C8,C81,C82,C84,C86,C87,D11,D3,D5,D7,D9
`Chr7:18805331`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B125,B90,B92
`Chr7:18805391`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B31,C30,C43
`Chr7:18805535`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr7:18805539`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr7:18805540`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,B94
`Chr7:18805543`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A13,C13,C20
`Chr7:18805590`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr7:18805598`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C56,C60,D10
`Chr7:18805602`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773912.1

226 aa

113

226

MatE

PF01554 MatE 1-113 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773912.1`	Pfam	`PF01554`	MatE	Family	1	113	1.4e-25	90.6	MatE

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917929.1
GAAGTTGAAATATTGCTGGTGAGGAGCGAGATCTCGTCGACTTTTGGGCTGAAAGCCGCGACTTGAACGCTGAAGGCGAGCCCAGTTGCGAGGCGAGTCGATATGCCTGGAAGGTGTTCGTAAAATTGTCTCGAACGACGAGGGCTTCCTTCTAGGCCTCGCCTGCGCGGAGCTCGCCGAGAATCTCCGGCTGGTGGCCAAACAGCAGGCTTCAGGACGCGAGGAGGCAACATCGGCAACAAAGAGCTTGTGCTTCCATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993151
ATGGGCTGTGCGCTGGAGACGCTGTGCGGGCAGGCGGTGGGCGGCGGGCGATACGAGATGCTGGGAATCTATATGAGGAGATCATGCATCATAACTCTCGTCACCGCCTTGTTCCTCACGCCTCTCTACATCTTCACGTCGCCGATCTTGAAGCTCCTCCGCCAGAAACACGAAATCGCCGACCTCGCCGGAAAATACGCGCAGTGGGTCATCCCTCAGCTCTTCGCCTACGCCGTCAATTTTCCGGTGCAGAAGTTTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773912.1
MGCALETLCGQAVGGGRYEMLGIYMRRSCIITLVTALFLTPLYIFTSPILKLLRQKHEIADLAGKYAQWVIPQLFAYAVNFPVQKFLQAQSKIWVMTVISVAVLGFHVVLNWILITKLDKGLAGAAVAENVSWWLVVLAQVIYVVAGFFPESWTGFSMSAFKSLLGFVKLSLASAVMLCLELWYYTIVILMVGWLKNPEIAVDAISIWLHSLVNTNFLYFNVRSSC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器