Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002074

染色体: Chr07 坐标: 18868824-18872559 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002074
名称SmilChr07G002074
描述potassium transporter 5
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向18868824 - 18872559 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993156
GeneID130993156
locus_tag-
NCBI NameLOC130993156
原始查询SmilChr07G002074

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述potassium transporter 5
产物potassium transporter 5
ArabidopsisAT4G13420 (HAK5)
high affinity K+ transporter 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826973]
identity=60.6; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0930400 (HAK5)
-
identity=57.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0015079 (potassium ion transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0071805 (potassium ion transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF02705 (K_trans); PF22776 (K_trans_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993156

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057773917.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057773917.1
3 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057773917.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773917.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773917.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:18869059 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr7:18870406 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:18870589 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,B45,D6
Chr7:18870691 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B34
Chr7:18870691 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B34
Chr7:18871037 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B124,B133,B20,C42
Chr7:18871131 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr7:18871152 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr7:18871233 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B51,B55,C37
Chr7:18871414 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B131,B2,B26,B27,C6
Chr7:18871573 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B140,B55
Chr7:18871731 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,B45,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773917.1
799 aa
N
1
400
799
K_trans
K_trans_C
C
PF02705 K_trans 65-532 aa PF22776 K_trans_C 562-798 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773917.1 Pfam PF02705 K_trans Domain 65 532 2.2e-162 541.4 K+ potassium transporter integral membrane domain
XP_057773917.1 Pfam PF22776 K_trans_C Domain 562 798 6.4e-29 101.4 K+ potassium transporter C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917934.1
AGTCTAGTAGACTTTAGGAACCCACACAATGAGACAACGTTGGGTAATTCCGAACTTAAATTAGTGGTATCCTAGGTTGACTCTCATGCTATAAGAACCCACCACCACCACCACCACCACCATCACATATATTGCATTCTTGCCAATAACCATTAAACATGGCGGAGCCGCACCACCACCAGACGGAAACAACGGCGACGGACCCTGCCCCAGCCGACGCCAATATCAAGGAGAGGAAGGTCTCATGGGCGAAGCTCCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993156
ATGGCGGAGCCGCACCACCACCAGACGGAAACAACGGCGACGGACCCTGCCCCAGCCGACGCCAATATCAAGGAGAGGAAGGTCTCATGGGCGAAGCTCCGCCGCGTCGACTCCCTCAACATGGAGGCCGGAAATCTTTCGTTCAAGCCCACCCATCATGCCTCCACCCAGGTTAGCTGGGGGAGGACGATGAGCCTAGCGTTCCAAAGCATCGGAATAATATACGGAGACATCGGAACGTCGCCGTTGTATGTGTTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773917.1
MAEPHHHQTETTATDPAPADANIKERKVSWAKLRRVDSLNMEAGNLSFKPTHHASTQVSWGRTMSLAFQSIGIIYGDIGTSPLYVFDSSFDGEIKHKDDILGVLSLIIYTIILVPMIKYVFIVLWANDNGDGGTFALYSLICRYAKVGLIPNDQPEDRQLSNYRLDTPSNQLRRAQKIKHTLERSMVAKIILFLATILGTAMVIGDGVLTPSISVLSAVEGIKGLGQDAVVYISIAILIILFMVQRFGTDKIGYSFAPAV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器