Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002087`

染色体: Chr07 坐标: 18978924-18983840 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002087`
名称	SmilChr07G002087
描述	uncharacterized SmilChr07G002087
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	18978924 - 18983840 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993165`
GeneID	`130993165`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993165`
原始查询	`SmilChr07G002087`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase-like protein (DUF1624) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834841]; symbol=AT5G47900; hit=AT5G47900; species=arabidopsis; confidence=high
产物	heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase-like protein (DUF1624) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834841]; symbol=AT5G47900; hit=AT5G47900; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G47900` (AT5G47900) heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase-like protein (DUF1624) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834841] identity=61.2; qcov=1; evalue=2.64e-122; confidence=high
Rice	`Os02g0526000` - identity=56.7; qcov=0.985; evalue=5.39e-120; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF07786 (HGSNAT_cat)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993165

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057773927.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057773927.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057773925.1`
4	Golgi apparatus	高尔基体	0.40000	`XP_057773925.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773927.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:18979455`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,B18,C71,C83
`Chr7:18979684`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B19
`Chr7:18979783`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B103,B19,B26,B77,B78
`Chr7:18983158`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B25,C59
`Chr7:18983172`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C15,C21,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773925.1

466 aa

233

466

HGSNAT_cat

PF07786 HGSNAT_cat 72-196 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773925.1`	Pfam	`PF07786`	HGSNAT_cat	Domain	72	196	1.7e-06	28.4	Heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase, catalytic

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917942.1
TGAGATGTGCCGTGAGCGTACGTGTCTGTTCATGGATAGGAGAAGCCTACAAACCTTTCATGCGTTAATTGAAAAATTGATATGGAGGGATTTGAGTGTATGATAAGGCAGTGGTAGCGTATCTTTTTTGCAACAAATTGCAGAGAGATATATCGGGAGGAGAGAGAGAGGACAGTGGGTGGCCACTGTCCACTGCCCATCTCAAAAAGCCACCCACCCCTACGTTTCATGCCTTTCTATCTCTGGGGGTAACTCATTAC...

XM_057917943.1
TATTTGAAGAGCAATACGCCTTCTCCTCGTTTGAGGCCGCCGGTGTTGGGCGGCGCTGGCACCGGCGGAATTGCTAAGTGCACTCCGCCGTCTGGTCGCCTAGTTTCCCTCGACGTTTTCCGCGGCCTCACTGTTGTGATTTTGTTATGCCATTTTTCCTATTCATGGTTGGTGTCTCACTGGGACTTGTATATAAGAATATGACTTGCAGAGTTGCTGCATCCAAGAAAGCAATAATCCGAGCAGGAAAGCTTTTAGTA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC130993165
ATGGCCTCGTACAAACTCATCAGAGACGGCGGCGACGAAGGGGCATTGGATTTGCGGGCTAAGAATTGCGCTCTGCGCATTGATAGCGGCGGCCATGGTGTTGATGTTGAGTCTGCTTATTTGAAGAGCAATACGCCTTCTCCTCGTTTGAGGCCGCCGGTGTTGGGCGGCGCTGGCACCGGCGGAATTGCTAAGTGCACTCCGCCGTCTGGTCGCCTAGTTTCCCTCGACGTTTTCCGCGGCCTCACTGTTGTGTTGAT...

LOC130993165
ATGCCATTTTTCCTATTCATGGTTGGTGTCTCACTGGGACTTGTATATAAGAATATGACTTGCAGAGTTGCTGCATCCAAGAAAGCAATAATCCGAGCAGGAAAGCTTTTAGTACTAGGGATTTTTCTGCAAGGTGGCTATTTCCATGGCCTTAATAAGCTGACGTATGGTGTGGACTTGGAACAGATCAGATGGATGGGCATATTGCAGAGAATCGCAGTAGCATATTGGGTTGCAGCAATGTGCGAGATTTGGCTTAG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057773925.1
MASYKLIRDGGDEGALDLRAKNCALRIDSGGHGVDVESAYLKSNTPSPRLRPPVLGGAGTGGIAKCTPPSGRLVSLDVFRGLTVVLMIIVDDAGGLIPSINHSPWNGLTLADFVMPFFLFMVGVSLGLVYKNMTCRVAASKKAIIRAGKLLVLGIFLQGGYFHGLNKLTYGVDLEQIRWMGILQRIAVAYWVAAMCEIWLRNDEKVDSGVSLLKKYKWQWAMAFMLSTIYLLMLYGLYVPDWEYHIPFEASSRAEVFKVK...

XP_057773926.1
MPFFLFMVGVSLGLVYKNMTCRVAASKKAIIRAGKLLVLGIFLQGGYFHGLNKLTYGVDLEQIRWMGILQRIAVAYWVAAMCEIWLRNDEKVDSGVSLLKKYKWQWAMAFMLSTIYLLMLYGLYVPDWEYHIPFEASSRAEVFKVKCGVRADTGPACNAAGMIDRAVLGIQRLYRKPIYARTEQCSINSPDYGPLPPDAPSWCRAPFDPEGILSTVMAIVSCLLGLQYGHVIVHFKEHKKRLSLWSYPSTGFMLLGLLCH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器