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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002094

染色体: Chr07 坐标: 19053381-19057991 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002094
名称SmilChr07G002094
描述uncharacterized SmilChr07G002094
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向19053381 - 19057991 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993172
GeneID130993172
locus_tag-
NCBI NameLOC130993172
原始查询SmilChr07G002094

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os04g0405600; species=rice; confidence=high
产物hit=Os04g0405600; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT5G47860 (AT5G47860)
Gut esterase (DUF1350) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834837]
identity=68.9; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0405600
-
identity=73.5; qcov=0.889; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF07082 (DUF1350)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993172

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057773931.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057773931.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057773931.1
4 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057773931.1
5 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.20000 XP_057773931.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:19053779 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr7:19054243 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr7:19055452 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr7:19055701 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C46,C83
Chr7:19055749 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C45
Chr7:19056292 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B85,C4
Chr7:19056332 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr7:19056792 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr7:19057721 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B111,B14,C52,C77
Chr7:19057759 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B115,B129
Chr7:19057788 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr7:19057847 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773931.1
442 aa
N
1
221
442
DUF1350
C
PF07082 DUF1350 99-366 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773931.1 Pfam PF07082 DUF1350 Family 99 366 4.1e-56 190.8 Protein of unknown function (DUF1350)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917948.1
TTAAGAAGAGCAACAAGTAACCAACAAACATCAAACAGAAAGCAGTTCTAAGGGGCGCGCGGATTGTCTTCTTCCATGAGCTATGGCGAACTGCGTATGGACGCCGACGCCTCATCCAACGGTTACTCCGCCCTCTGCCGACTCCGTTTCGTCCCGGCGTTTGGTGCGCCTCTGCAACTTAACGTTTACGCGTACTCTTCGCCCCTCCCTCGCTAGAAACGGTAGCTCCAACCGTCGCATCGGAATATGTTGCAGTTCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993172
ATGGCGAACTGCGTATGGACGCCGACGCCTCATCCAACGGTTACTCCGCCCTCTGCCGACTCCGTTTCGTCCCGGCGTTTGGTGCGCCTCTGCAACTTAACGTTTACGCGTACTCTTCGCCCCTCCCTCGCTAGAAACGGTAGCTCCAACCGTCGCATCGGAATATGTTGCAGTTCGGACGGGGGAGGCGGCCAGAACCAAATGGAAACAACTGGAATTCAGCTCTACAGAGACATCGAGAGAGTACTTACGGAAACTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773931.1
MANCVWTPTPHPTVTPPSADSVSSRRLVRLCNLTFTRTLRPSLARNGSSNRRIGICCSSDGGGGQNQMETTGIQLYRDIERVLTETVKQSQEGWGSSGDWSEIEGAWVLRPRKSKITSIVHFIGGIFVGAAPQLTYRLFLERLADKGTLVIATPYASGFDHFLIADEAQFKFERCLRSLRETVEDVPSFGIGHSLGSVIHLLIGSRYAVQRSGNILMAFNNKEASLAVPLFSPVLVPMAQSFGPLLSQLVSSPTVRLGAE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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