Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002105`

染色体: Chr07 坐标: 19152003-19156324 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002105`
名称	SmilChr07G002105
描述	hsp70 nucleotide exchange factor FES1-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	19152003 - 19156324 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993187`
GeneID	`130993187`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993187`
原始查询	`SmilChr07G002105`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hsp70 nucleotide exchange factor FES1-like
产物	hsp70 nucleotide exchange factor FES1-like
Arabidopsis	`AT3G51980` (AT3G51980) ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824361] identity=53.8; qcov=0.923; evalue=9.52e-136; confidence=high
Rice	`Os09g0512700` (NEF) - identity=57.6; qcov=0.878; evalue=2.59e-132; confidence=high
GO	-
KEGG	smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF08609 (Fes1); PF28415 (SIL1_FES1_HPBP1_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993187

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057773948.1`
2	Endoplasmic reticulum lumen	内质网腔	0.20000	`XP_057773948.1`
3	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057773948.1`
4	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057773948.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773948.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:19152350`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr7:19152645`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B81,C35
`Chr7:19153270`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C46,C83
`Chr7:19154790`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B131
`Chr7:19154790`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B131
`Chr7:19154961`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,B44
`Chr7:19155963`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773948.1

403 aa

202

403

Fes1

SIL1_FES1_HPBP1_C

PF08609 Fes1 72-163 aa PF28415 SIL1_FES1_HPBP1_C 159-284 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773948.1`	Pfam	`PF08609`	Fes1	Repeat	72	163	6.4e-17	63.0	Nucleotide exchange factor Fes1
`XP_057773948.1`	Pfam	`PF28415`	SIL1_FES1_HPBP1_C	Repeat	159	284	3.6e-23	83.0	SIL1/FES1/HPBP1 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917965.1
AATCCATAAAGGCAAATTAAGACTATTAAAATGACTATTTTCACAATTGTCCCTGTTCCCTGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAACAAAATAAAACAAGTGTCCCTGTTTTTCCAATCCCAAAACCCCGACTGCATCAGCCAGACATAAACAGCGACGACGACGAAGACGATCGCTGATTATTTGTAATTGAAGAGAGACAAAGTTTAGCAGAGATGAAGCGGCGAGCTATTTATATCTCAAGAACTACGGCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993187
ATGAAGCGGCGAGCTATTTATATCTCAAGAACTACGGCGGCGATGCTGGTGCTTCTGGCGGCGGCGGCGGTTGCTGGTGTGGAGCGCGAAAATAAGACGACGTCGCTAGGGGCACTTTGGTCCAGCGCGAAAGAGGACGGAGATGATTTTGGCGGCCCTACTACTACTGTCCAGGAGGAGGAGGAACGCCATTTGGATGGCGGATTCTCTACCCTTGAGGGAATGTTACAGTGGTCTATTGGCCATTCAGATCCAAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773948.1
MKRRAIYISRTTAAMLVLLAAAAVAGVERENKTTSLGALWSSAKEDGDDFGGPTTTVQEEEERHLDGGFSTLEGMLQWSIGHSDPKKLKEAALDVERLSSQDLMQRQVEIKELMEKLKTPSDAELMKIAINDLNNLSLSLEDRHRALQELLILVEPIDNANDLHKLGGLTAVIKNLNNSNPEIRTISAWILGKASQNNPFVQNQILELGALAKLMEMAHSEFIEEAIKALYAISALIRNNFQGQQLFYKEAGDLMLQKIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器