当前解析结果
SmilChr07G002106| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002106 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002106 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G002106 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 19156201 - 19160896 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130993186 |
|---|---|
| GeneID | 130993186 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993186 |
| 原始查询 | SmilChr07G002106 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0405600; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os04g0405600; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G47860 (AT5G47860)Gut esterase (DUF1350) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834837] identity=68.9; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0405600- identity=73.5; qcov=0.889; evalue=0; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07082 (DUF1350) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993186 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057773947.1 |
| 2 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 1.00000 | XP_057773947.1 |
| 3 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.80000 | XP_057773947.1 |
| 4 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.20000 | XP_057773947.1 |
| 5 | Chloroplast thylakoid membrane | 类囊体膜 | 0.20000 | XP_057773947.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:19156629 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B26,B77,B78 |
Chr7:19158021 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C46,C83 |
Chr7:19160526 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 9 | A20,B106,B129,B139,B54,B58,B71,C64,C66 |
Chr7:19160530 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 115 | A10,A14,A16,A2,A20,A23,A4,A6,A7,A9,B10,B100,B102,B103,B104,B105,B107,B108,B11,B110,B114,B117,B118,B120,B121,B122,B125,B127,B130,B133,B137,B138,B14,B18,B19,B21,B27,B30,B31,B32,B33,B38,B40,B41,B44,B46,B48,B51,B52,B53,B55,B56,B57,B60,B61,B62,B67,B70,B75,B78,B79,B8,B81,B82,B83,B87,B88,B9,B90,B92,B95,B97,B98,B99,C13,C15,C17,C18,C19,C20,C21,C23,C24,C25,C28,C29,C3,C33,C34,C35,C40,C44,C48,C49,C51,C52,C54,C55,C6,C60,C61,C62,C67,C7,C70,C73,C74,C76,C78,C83,C84,C9,D10,D7,D9 |
Chr7:19160564 |
TCC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 35 | A16,B104,B109,B113,B118,B125,B17,B18,B27,B32,B41,B44,B56,B61,B62,B7,B73,B90,B92,C17,C18,C19,C23,C25,C28,C29,C37,C39,C44,C49,C51,C54,C76,C9,D11 |
Chr7:19160572 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B71,B95,C64 |
Chr7:19160596 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B28,B91,C35,C4,C64 |
Chr7:19160604 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B44,B8,C24,C3,D6 |
Chr7:19160610 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B28,B91,C35,C4,C64 |
Chr7:19160619 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B28,B91,C35,C4,C64 |
Chr7:19160631 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 17 | B18,B19,B30,B33,B40,B55,B78,B8,B83,C13,C18,C22,C38,C48,C72,C73,D9 |
Chr7:19160633 |
AAG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 114 | A10,A16,A2,A20,A23,A3,A5,A7,A9,B10,B102,B103,B104,B107,B108,B109,B110,B113,B117,B118,B120,B122,B125,B127,B138,B14,B140,B17,B18,B19,B25,B26,B27,B32,B35,B36,B38,B4,B41,B44,B47,B48,B52,B53,B56,B57,B60,B61,B62,B64,B65,B7,B70,B75,B78,B79,B82,B86,B88,B90,B91,B92,B93,B95,B97,B98,C13,C15,C17,C19,C2,C20,C21,C23,C24,C25,C27,C28,C29,C3,C33,C34,C35,C38,C40,C41,C42,C43,C45,C47,C49,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C6,C60,C61,C63,C7,C70,C71,C73,C76,C81,C83,C84,C9,D1,D10,D11,D6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773947.1PF07082
DUF1350 99-366 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773947.1 |
Pfam | PF07082 |
DUF1350 | Family | 99 | 366 | 4.1e-56 | 190.8 | Protein of unknown function (DUF1350) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。