Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002106

染色体: Chr07 坐标: 19156201-19160896 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002106
名称SmilChr07G002106
描述uncharacterized SmilChr07G002106
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向19156201 - 19160896 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993186
GeneID130993186
locus_tag-
NCBI NameLOC130993186
原始查询SmilChr07G002106

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os04g0405600; species=rice; confidence=high
产物hit=Os04g0405600; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT5G47860 (AT5G47860)
Gut esterase (DUF1350) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834837]
identity=68.9; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0405600
-
identity=73.5; qcov=0.889; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF07082 (DUF1350)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993186

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057773947.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057773947.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057773947.1
4 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057773947.1
5 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.20000 XP_057773947.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:19156629 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,B77,B78
Chr7:19158021 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C46,C83
Chr7:19160526 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 9 A20,B106,B129,B139,B54,B58,B71,C64,C66
Chr7:19160530 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 115 A10,A14,A16,A2,A20,A23,A4,A6,A7,A9,B10,B100,B102,B103,B104,B105,B107,B108,B11,B110,B114,B117,B118,B120,B121,B122,B125,B127,B130,B133,B137,B138,B14,B18,B19,B21,B27,B30,B31,B32,B33,B38,B40,B41,B44,B46,B48,B51,B52,B53,B55,B56,B57,B60,B61,B62,B67,B70,B75,B78,B79,B8,B81,B82,B83,B87,B88,B9,B90,B92,B95,B97,B98,B99,C13,C15,C17,C18,C19,C20,C21,C23,C24,C25,C28,C29,C3,C33,C34,C35,C40,C44,C48,C49,C51,C52,C54,C55,C6,C60,C61,C62,C67,C7,C70,C73,C74,C76,C78,C83,C84,C9,D10,D7,D9
Chr7:19160564 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 35 A16,B104,B109,B113,B118,B125,B17,B18,B27,B32,B41,B44,B56,B61,B62,B7,B73,B90,B92,C17,C18,C19,C23,C25,C28,C29,C37,C39,C44,C49,C51,C54,C76,C9,D11
Chr7:19160572 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B71,B95,C64
Chr7:19160596 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B28,B91,C35,C4,C64
Chr7:19160604 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B44,B8,C24,C3,D6
Chr7:19160610 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B28,B91,C35,C4,C64
Chr7:19160619 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B28,B91,C35,C4,C64
Chr7:19160631 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 17 B18,B19,B30,B33,B40,B55,B78,B8,B83,C13,C18,C22,C38,C48,C72,C73,D9
Chr7:19160633 AAG A 2bp_deletion frameshift_variant 114 A10,A16,A2,A20,A23,A3,A5,A7,A9,B10,B102,B103,B104,B107,B108,B109,B110,B113,B117,B118,B120,B122,B125,B127,B138,B14,B140,B17,B18,B19,B25,B26,B27,B32,B35,B36,B38,B4,B41,B44,B47,B48,B52,B53,B56,B57,B60,B61,B62,B64,B65,B7,B70,B75,B78,B79,B82,B86,B88,B90,B91,B92,B93,B95,B97,B98,C13,C15,C17,C19,C2,C20,C21,C23,C24,C25,C27,C28,C29,C3,C33,C34,C35,C38,C40,C41,C42,C43,C45,C47,C49,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C6,C60,C61,C63,C7,C70,C71,C73,C76,C81,C83,C84,C9,D1,D10,D11,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773947.1
442 aa
N
1
221
442
DUF1350
C
PF07082 DUF1350 99-366 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773947.1 Pfam PF07082 DUF1350 Family 99 366 4.1e-56 190.8 Protein of unknown function (DUF1350)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917964.1
ATTAATAGCAAGAAATTGTTAAGGGGCAAAAGTAGAATTATTTAATGAAAGAAATGGGTAGAAGTTAAGAAGAGCAACAAGTAACCAACAAACATCAAACAGAAAGCAGTTCTAAGGGGCGACGCGGATTGTCTTCTTCCATGAGCTATGGCGAACTGCGTATGGACGCCGACGCCTCATCCAACGGTTACTCCGCGCTCTGCCGACTCCGTTTCGTCCCGGCGTTTGGTGCGCCTCTGCAACTTAACGTTTACGCGTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993186
ATGGCGAACTGCGTATGGACGCCGACGCCTCATCCAACGGTTACTCCGCGCTCTGCCGACTCCGTTTCGTCCCGGCGTTTGGTGCGCCTCTGCAACTTAACGTTTACGCGTACTCTTCGCCCCTCCCTCGCTAGAAACGGTAGCTCCAACCGTCGCATCGGAATATGTTGCAGTTCGGACGGGGGAGGCGGCCAGAACCAAACGGAAACAACTGGAATTCAGCTCTACAGAGACATCGAGAGAGTACTTACGGAAACTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773947.1
MANCVWTPTPHPTVTPRSADSVSSRRLVRLCNLTFTRTLRPSLARNGSSNRRIGICCSSDGGGGQNQTETTGIQLYRDIERVLTETVKQSQEGWGSSGDWSEIEGAWVLRPRKSKITSIVHFIGGIFVGAAPQLTYRLFLERLADKGTLVIATPYASGFDHFLIADEAQFKFERCLRSLRETVEDVPSFGIGHSLGSVIHLLIGSRYAVQRSGNILMAFNNKEASLAVPLFSPVLVPMAQSFGPLLSQLVSSPTVRLGAE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器