Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002115`

染色体: Chr07 坐标: 19262595-19265627 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002115`
名称	SmilChr07G002115
描述	BTB/POZ domain-containing protein At3g19850
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	19262595 - 19265627 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993197`
GeneID	`130993197`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993197`
原始查询	`SmilChr07G002115`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	BTB/POZ domain-containing protein At3g19850
产物	BTB/POZ domain-containing protein At3g19850
Arabidopsis	`AT3G19850` (AT3G19850) Phototropic-responsive NPH3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821522] identity=48.1; qcov=1.07; evalue=2.75e-171; confidence=high
Rice	`Os04g0674300` - identity=49.3; qcov=1.09; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03000 (NPH3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993197

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057773966.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057773966.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773966.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773966.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057773966.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:19262797`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr7:19262885`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B44,C12,C6
`Chr7:19262927`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,B138,B31
`Chr7:19262931`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B59,B81,C35
`Chr7:19263004`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B111,B44,C40,C55
`Chr7:19263007`	`C`	`CAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B140
`Chr7:19263007`	`C`	`CAA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B140
`Chr7:19263086`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B44,C12,C6
`Chr7:19264220`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C74,C8
`Chr7:19264375`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,C6
`Chr7:19264393`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,C6
`Chr7:19264474`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773966.1

524 aa

262

524

NPH3

PF03000 NPH3 186-415 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773966.1`	Pfam	`PF03000`	NPH3	Family	186	415	1.5e-54	186.1	NPH3 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917983.1
ATACACAGCTTAACTGGCTCGTGATGTTGCAGAAAACACACACTCACACATTGTATCTATATAATATCATAAACTCTTCACACTCACATATATACATCACCTTTTACAACTAGTAGTTCGAAAAAATCATCATTTAATGCAAAGCATCCCACCATGTCAGAAATGTGCGATCTCCAAATTCACATCAATGGCCAACACACATTCTTCCTCTCCGAGAGGATTCTATCCAAGTATTGTGGGAAATTGAGGAAGATAATCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993197
ATGTCAGAAATGTGCGATCTCCAAATTCACATCAATGGCCAACACACATTCTTCCTCTCCGAGAGGATTCTATCCAAGTATTGTGGGAAATTGAGGAAGATAATCAAGCAAGAGAAGAGAAGAACTCAGATCAGGAGCTCCGGCATCGACATCGCCCAATTCCCCGGCGGTCCCGCAGGATTCGAACTCGTTTCAAGGTTCTGCTACAGCAACGGCGCCGTCCCCATCAGCGTCTCCAACGCCGCGCTCTTGCATTGCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773966.1
MSEMCDLQIHINGQHTFFLSERILSKYCGKLRKIIKQEKRRTQIRSSGIDIAQFPGGPAGFELVSRFCYSNGAVPISVSNAALLHCCAVFLGMTEKVSLFNLLTQTEEFLEGIFYWSWSDVVTSLKSCEPFFDYAETCGLVEKLMCALLAKIAQNSDVNFLSVSSSSSSSSPETASSPSSRKPWAWWFQDMTALNPRIIHHFLKALGSYGAENNNLVLTRFLLQYLKSNAGVRPTPAEYGGLADTAVHGVVLIGKSAFSC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器