当前解析结果
SmilChr07G002120| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002120 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002120 |
| 描述 | probable metal-nicotianamine transporter YSL7 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 19326338 - 19329515 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993203 |
|---|---|
| GeneID | 130993203 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993203 |
| 原始查询 | SmilChr07G002120 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable metal-nicotianamine transporter YSL7 |
| 产物 | probable metal-nicotianamine transporter YSL7 |
| Arabidopsis | AT1G65730 (YSL7)YELLOW STRIPE like 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842884] identity=61.4; qcov=0.974; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0524900 (OsYSL11)- identity=61.9; qcov=0.959; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0035673 (oligopeptide transmembrane transporter activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03169 (OPT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993203 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057773990.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 1.00000 | XP_057773990.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 1.00000 | XP_057773990.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057773990.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773990.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:19326455 |
TAC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 121 | A10,A11,A14,A16,A18,A2,A20,A22,A23,A3,A4,A7,A8,B10,B102,B103,B106,B108,B109,B11,B110,B112,B113,B119,B12,B120,B122,B123,B127,B128,B13,B130,B132,B14,B140,B15,B17,B18,B2,B23,B26,B27,B29,B30,B35,B36,B38,B39,B4,B40,B44,B47,B48,B50,B51,B52,B53,B55,B57,B58,B59,B60,B64,B66,B67,B69,B71,B72,B75,B77,B80,B81,B83,B84,B85,B86,B87,B9,B91,B98,C12,C15,C17,C21,C24,C28,C30,C31,C34,C35,C37,C38,C4,C42,C45,C47,C49,C51,C52,C53,C55,C59,C6,C61,C64,C66,C7,C72,C76,C78,C8,C81,C84,C87,C9,D1,D10,D2,D4,D5,D6 |
Chr7:19326476 |
ATT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B72 |
Chr7:19326476 |
ATT |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B72 |
Chr7:19326514 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C14,C73,D3 |
Chr7:19326532 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B118 |
Chr7:19326736 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B68,C82 |
Chr7:19326784 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A19 |
Chr7:19327675 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B135,C16 |
Chr7:19328018 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C5,D7 |
Chr7:19328156 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 12 | A1,B117,B139,B21,B4,B41,B57,B58,C18,C20,C27,C75 |
Chr7:19328245 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B72,C12,C27,D1,D6 |
Chr7:19328345 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B72 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773990.1PF03169
OPT 56-673 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773990.1 |
Pfam | PF03169 |
OPT | Family | 56 | 673 | 3.2e-156 | 522.3 | OPT oligopeptide transporter protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。