Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002139`

染色体: Chr07 坐标: 19526904-19533642 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002139`
名称	SmilChr07G002139
描述	uncharacterized SmilChr07G002139
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	19526904 - 19533642 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993219`
GeneID	`130993219`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993219`
原始查询	`SmilChr07G002139`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	AT1G60670; symbol=AT1G60670; hit=AT1G60670; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	AT1G60670; symbol=AT1G60670; hit=AT1G60670; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT1G60670` (AT1G60670) - identity=43.4; qcov=0.886; evalue=9.37e-62; confidence=medium
Rice	`Os04g0673000` - identity=41.2; qcov=0.803; evalue=1.01e-49; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF12579 (DUF3755)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993219

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057774010.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774010.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774010.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057774010.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057774010.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:19528052`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B69
`Chr7:19528052`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B69
`Chr7:19531693`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B84,D3
`Chr7:19531943`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A16
`Chr7:19533066`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B68,C82
`Chr7:19533101`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774010.1

311 aa

156

311

DUF3755

PF12579 DUF3755 238-271 aa

XP_057774011.1

301 aa

150

301

DUF3755

PF12579 DUF3755 228-261 aa

XP_057774012.1

299 aa

150

299

DUF3755

PF12579 DUF3755 229-259 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774010.1`	Pfam	`PF12579`	DUF3755	Family	238	271	5.6e-17	61.8	Protein of unknown function (DUF3755)
`XP_057774011.1`	Pfam	`PF12579`	DUF3755	Family	228	261	5.6e-17	61.8	Protein of unknown function (DUF3755)
`XP_057774012.1`	Pfam	`PF12579`	DUF3755	Family	229	259	8.6e-15	54.8	Protein of unknown function (DUF3755)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918029.1
TGTGCAACAGAAGAAAGATGAGAAATATCTATGCATTGCATTCCATCCCACCTTTCCATACTTATATATGTCCATTTGAATAAGCCAATAATAATATTAGTGAAATTATAGATACATAATTTTATAGGAGTAGAGTAGTATGCAATAATTACAGAGCAAAAGAGAAAAAGGCTCTCCCACTTATATACTAAAGCTAACACCCATCGCTCCCCTGCTCAAATCCCCTCTCCTCTCCTCCTTCTCTCTCTCTCCTCTCTCTC...

XM_057918028.1
AGAAGAAAGATGAGAAATATCTATGCATTGCATTCCATCCCACCTTTCCATACTTATATATGTCCATTTGAATAAGCCAATAATAATATTAGTGAAATTATAGATACATAATTTTATAGGAGTAGAGTAGTATGCAATAATTACAGAGCAAAAGAGAAAAAGGCTCTCCCACTTATATACTAAAGCTAACACCCATCGCTCCCCTGCTCAAATCCCCTCTCCTCTCCTCCTTCTCTCTCTCTCCTCTCTCTCGCACACTC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC130993219
ATGGCGGGTGAGTTCAACCCCGGCTTTCACCACCAGGGCGCGCTCTACAAATCCGGCGGCGGGGGGATGAGCAGCAGCAGCAGCGCCGGCTCCGGAGGGTACGACCTGATTCCCATGGCCAATTACTACACTAGCCCCGGGGGGACCTTGAATTTGGGTGCTGTCGATTCCTCTGCCGGGGCGGTGCAGTATTTCTCGCCGCATAACAACTCCGCGGGCCCTTCGTCGTCGTCGCTTTTGCTGGACTCGGTGCCGGGGTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057774010.1
MAGEFNPGFHHQGALYKSGGGGMSSSSSAGSGGYDLIPMANYYTSPGGTLNLGAVDSSAGAVQYFSPHNNSAGPSSSSLLLDSVPGLKHDTGLAVEWSVEEQYKLEEGLAKYANEPHILQYIKIAASLHDKTVRDVALRCRWMMRKRRKQEDPSLGKKMKDMKDKLMEASVKTKVSSAPPVNLPAYSLPSIRHNQSDYIFSGVLSSGARHLLEENNHAFGQISANLSTLKTLLILTSMYQLQENIDLFFRTRNNLTTVLN...

XP_057774011.1
MAGEFNPGFHHQGALYKSGGGGMSSSSSAGSGGYDLIPMANYYTSPGGTLNLGAVDSSAGAVQYFSPHNNSAGPSSSSLLLDSVPGLKHDTGLAVEWSVEEQYKLEEGLAKYANEPHILQYIKIAASLHDKTVRDVALRCRWMMRKRRKQEDPSLGKKMKDMKDKLMEASVKTKVSSAPPVNLPAYSLPSIRHNQSDYIFSGVLSSGARHLLEENNHAFGQISANLSTLKLQENIDLFFRTRNNLTTVLNDIKNMPGIMS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器