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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002156

染色体: Chr07 坐标: 19724640-19726844 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002156
名称SmilChr07G002156
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71460, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向19724640 - 19726844 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993226
GeneID130993226
locus_tag-
NCBI NameLOC130993226
原始查询SmilChr07G002156

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71460, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71460%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G71460 (AT1G71460)
Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843487]
identity=59.8; qcov=0.91; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0202850
-
identity=46.8; qcov=0.899; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993226

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057774020.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057774020.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774020.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774020.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774020.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:19724809 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,C46
Chr7:19724839 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B113,B51,C41,C74
Chr7:19724842 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr7:19724843 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 17 A3,B126,B14,B24,B40,B56,B69,B80,B96,C34,C40,C50,C60,C78,C84,D11,D5
Chr7:19724890 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B20
Chr7:19724931 G GCT 2bp_insertion frameshift_variant 3 B6,C33,C67
Chr7:19724931 G GCT 2bp_insertion CDS_variant 3 B6,C33,C67
Chr7:19724947 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B33,B44,B46,B88,C60
Chr7:19724961 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr7:19725068 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A25,B123,B47,B52,B86
Chr7:19725132 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr7:19725190 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774020.1
686 aa
N
1
343
686
PPR
PPR_3
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 81-105 aa PF13812 PPR_3 97-140 aa PF01535 PPR 251-276 aa PF01535 PPR 355-372 aa PF13041 PPR_2 379-425 aa PF01535 PPR 381-401 aa PF13812 PPR_3 381-427 aa PF01535 PPR 454-481 aa PF01535 PPR 483-508 aa PF13041 PPR_2 582-627 aa PF13812 PPR_3 583-627 aa PF01535 PPR 584-613 aa PF01535 PPR 655-677 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774020.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 81 105 6.1e-43 142.8 PPR repeat
XP_057774020.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 97 140 9.8e-29 100.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774020.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 251 276 6.1e-43 142.8 PPR repeat
XP_057774020.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 355 372 6.1e-43 142.8 PPR repeat
XP_057774020.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 379 425 1.1e-60 202.2 PPR repeat family
XP_057774020.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 381 401 6.1e-43 142.8 PPR repeat
XP_057774020.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 381 427 9.8e-29 100.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774020.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 454 481 6.1e-43 142.8 PPR repeat
XP_057774020.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 483 508 6.1e-43 142.8 PPR repeat
XP_057774020.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 582 627 1.1e-60 202.2 PPR repeat family
XP_057774020.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 583 627 9.8e-29 100.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774020.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 584 613 6.1e-43 142.8 PPR repeat
XP_057774020.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 655 677 6.1e-43 142.8 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918037.1
ATGGAGGGGCTGAGCAGTTACAACCTCACCCCTAAACCTCATCCTTTTCTTCGAACTCCTTTGAAGAAACTCTACTTCAGCAATCATAATAACAATGCTTCTTTCAAAATCACAGCAGCAGCAGCACCGATTTTTCAACTTCCAGACGGGAGAAAGAGACGGAAAAAATTCCATAAAAAGAGTGCCCGCCAAAGCTTTATACCTCTTCACAGCAAAAATCCGCATATCGTTTACAGAGACATCCAGAAACTTGCCAAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993226
ATGGAGGGGCTGAGCAGTTACAACCTCACCCCTAAACCTCATCCTTTTCTTCGAACTCCTTTGAAGAAACTCTACTTCAGCAATCATAATAACAATGCTTCTTTCAAAATCACAGCAGCAGCAGCACCGATTTTTCAACTTCCAGACGGGAGAAAGAGACGGAAAAAATTCCATAAAAAGAGTGCCCGCCAAAGCTTTATACCTCTTCACAGCAAAAATCCGCATATCGTTTACAGAGACATCCAGAAACTTGCCAAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774020.1
MEGLSSYNLTPKPHPFLRTPLKKLYFSNHNNNASFKITAAAAPIFQLPDGRKRRKKFHKKSARQSFIPLHSKNPHIVYRDIQKLAKEDKLEEALGMLDYMDRRGIPTNVTTFSALIAACLRVKSIEAARRVHVHIRINGLEGNEFLQTRLVHMYAGCGSVEDAKKVFGAMTVSSVYPWNALLRGNVVLGRRNHREVLASFSEMRAAGVELNVYSFSCLIKSLGGNRALRQGLKTHGLLIKNGLFGSLILRTSLIDMYFKC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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