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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002163

染色体: Chr07 坐标: 19793471-19797280 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002163
名称SmilChr07G002163
描述pyruvate kinase, cytosolic isozyme
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向19793471 - 19797280 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993229
GeneID130993229
locus_tag-
NCBI NameLOC130993229
原始查询SmilChr07G002163

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pyruvate kinase, cytosolic isozyme
产物pyruvate kinase%2C cytosolic isozyme
ArabidopsisAT5G08570 (AT5G08570)
Pyruvate kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830758]
identity=86.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0677500
-
identity=84.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000287 (magnesium ion binding); GO:0004743 (pyruvate kinase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006096 (glycolytic process); GO:0030955 (potassium ion binding)
KEGGsmil00010 (Glycolysis / Gluconeogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00620 (Pyruvate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00224 (PK); PF02887 (PK_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993229

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057774024.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057774024.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057774024.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774024.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774024.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:19793754 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,C2,C83
Chr7:19793924 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B111
Chr7:19793928 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B49,B60,B79,C36
Chr7:19794009 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B49,B60,B79,C36
Chr7:19794030 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr7:19794129 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr7:19794335 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr7:19794474 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr7:19794652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr7:19794788 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr7:19794847 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr7:19796036 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774024.1
511 aa
N
1
256
511
PK
PK_C
C
PF00224 PK 21-346 aa PF02887 PK_C 381-500 aa
XP_057774025.1
511 aa
N
1
256
511
PK
PK_C
C
PF00224 PK 21-346 aa PF02887 PK_C 381-500 aa
XP_057774026.1
511 aa
N
1
256
511
PK
PK_C
C
PF00224 PK 21-346 aa PF02887 PK_C 381-500 aa
XP_057774027.1
511 aa
N
1
256
511
PK
PK_C
C
PF00224 PK 21-346 aa PF02887 PK_C 381-500 aa
XP_057774028.1
511 aa
N
1
256
511
PK
PK_C
C
PF00224 PK 21-346 aa PF02887 PK_C 381-500 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774024.1 Pfam PF00224 PK Domain 21 346 9e-152 505.6 Pyruvate kinase, barrel domain
XP_057774024.1 Pfam PF02887 PK_C Domain 381 500 1.6e-23 83.7 Pyruvate kinase, alpha/beta domain
XP_057774025.1 Pfam PF00224 PK Domain 21 346 9e-152 505.6 Pyruvate kinase, barrel domain
XP_057774025.1 Pfam PF02887 PK_C Domain 381 500 1.6e-23 83.7 Pyruvate kinase, alpha/beta domain
XP_057774026.1 Pfam PF00224 PK Domain 21 346 9e-152 505.6 Pyruvate kinase, barrel domain
XP_057774026.1 Pfam PF02887 PK_C Domain 381 500 1.6e-23 83.7 Pyruvate kinase, alpha/beta domain
XP_057774027.1 Pfam PF00224 PK Domain 21 346 9e-152 505.6 Pyruvate kinase, barrel domain
XP_057774027.1 Pfam PF02887 PK_C Domain 381 500 1.6e-23 83.7 Pyruvate kinase, alpha/beta domain
XP_057774028.1 Pfam PF00224 PK Domain 21 346 9e-152 505.6 Pyruvate kinase, barrel domain
XP_057774028.1 Pfam PF02887 PK_C Domain 381 500 1.6e-23 83.7 Pyruvate kinase, alpha/beta domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918044.1
CAATCTCTCACTTTCAAGGAGCACATAATTTATCTTCTTTTGCAGTTGGCCATGAAACTGAAAGAAAGTAGCCAATAAAGTGCAGGTTGATTAGCAATGGCGAATGTAGACATGGAGGGGATCTTGAAGGAGCAGCCGTGTGATGATGTTCGAGTTCCAAAGACTAAGATCGTGTGCACCCTGGGACCGGCTTCTAGAACGGTGCCGATGCTGGAGAAGCTGCTTCGTGCAGGGATGAATGTTGCTCGATTCAACTTCTC...
XM_057918045.1
AAAGAAAGTAGCCAGTTGAGTATGCTTCAATTAATATTATTATCATTATTATTAATTATGAACAAATTATTTACTTGCTACTGAGTGGAAAATATCTTCCTAAAATAGTAAGAAATAAAAGGCAAATAGCTAAGGTGCGATTTCTTTGGGAAAAGGTAATTGCTGCTATAATGAAAATGAAACCAGTCAAAAAATTTCTGCGGGTGGGAGTCCCGGTTTCCGGTTTGTAGCACGTGGCGCTTAACTTAAGAGACTAATCG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130993229
ATGGCGAATGTAGACATGGAGGGGATCTTGAAGGAGCAGCCGTGTGATGATGTTCGAGTTCCAAAGACTAAGATCGTGTGCACCCTGGGACCGGCTTCTAGAACGGTGCCGATGCTGGAGAAGCTGCTTCGTGCAGGGATGAATGTTGCTCGATTCAACTTCTCACATGGCACCCATGAGTACCACCAGGAGACTCTCGACAACCTCAAGATTGCTATGCAGAACACTCAGATCCTCGCGGCTGTCATGCTCGATACCAA...
LOC130993229
ATGGCGAATGTAGACATGGAGGGGATCTTGAAGGAGCAGCCGTGTGATGATGTTCGAGTTCCAAAGACTAAGATCGTGTGCACCCTGGGACCGGCTTCTAGAACGGTGCCGATGCTGGAGAAGCTGCTTCGTGCAGGGATGAATGTTGCTCGATTCAACTTCTCACATGGCACCCATGAGTACCACCAGGAGACTCTCGACAACCTCAAGATTGCTATGCAGAACACTCAGATCCTCGCGGCTGTCATGCTCGATACCAA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057774024.1
MANVDMEGILKEQPCDDVRVPKTKIVCTLGPASRTVPMLEKLLRAGMNVARFNFSHGTHEYHQETLDNLKIAMQNTQILAAVMLDTKGPEIRTGFLKDGKPIQLKEGQEITITTDYTIKGDEKMISMSYKKLPVDLKPGNNILCADGTITFYVLSCDPAAGTVRCRCENTAMLGERKNVNLPGVVVDLPTLTDKDKEDILEWGVPNNIDMIALSFVRKGSDLVNVRKVLGPHSKRIQLMSKVENQEGVINFDEILRETDS...
XP_057774025.1
MANVDMEGILKEQPCDDVRVPKTKIVCTLGPASRTVPMLEKLLRAGMNVARFNFSHGTHEYHQETLDNLKIAMQNTQILAAVMLDTKGPEIRTGFLKDGKPIQLKEGQEITITTDYTIKGDEKMISMSYKKLPVDLKPGNNILCADGTITFYVLSCDPAAGTVRCRCENTAMLGERKNVNLPGVVVDLPTLTDKDKEDILEWGVPNNIDMIALSFVRKGSDLVNVRKVLGPHSKRIQLMSKVENQEGVINFDEILRETDS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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