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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002166

染色体: Chr07 坐标: 19827089-19830645 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002166
名称SmilChr07G002166
描述type IV inositol polyphosphate 5-phosphatase 9
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向19827089 - 19830645 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993232
GeneID130993232
locus_tag-
NCBI NameLOC130993232
原始查询SmilChr07G002166

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述type IV inositol polyphosphate 5-phosphatase 9
产物type IV inositol polyphosphate 5-phosphatase 9
ArabidopsisAT2G01900 (AT2G01900)
DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814721]
identity=62.2; qcov=0.962; evalue=9.27e-180; confidence=high
RiceOs03g0238300
-
identity=50.6; qcov=1.1; evalue=2.88e-154; confidence=high
GOGO:0004439 (phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity); GO:0004445 (inositol-polyphosphate 5-phosphatase activity); GO:0034485 (phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity); GO:0046856 (phosphatidylinositol dephosphorylation)
KEGG-
PfamPF22669 (Exo_endo_phos2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993232

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057774034.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057774034.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774034.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774034.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774034.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:19827292 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 2 B25,D8
Chr7:19827292 G GC 1bp_insertion CDS_variant 2 B25,D8
Chr7:19827639 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,B31
Chr7:19829586 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C2
Chr7:19829586 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C2
Chr7:19829667 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C23,D10
Chr7:19830134 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:19830143 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774034.1
423 aa
N
1
212
423
Exo_endo_phos2
C
PF22669 Exo_endo_phos2 75-371 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774034.1 Pfam PF22669 Exo_endo_phos2 Domain 75 371 2.1e-72 244.8 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family 2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918051.1
CTAGCGAAATAGACATAAACGTTATTGAACCAACTCCAAATTCATATATCACAATTAATTTCGGCGCTCATTTGATCAGTCCATGATCACCACGGACGTCACTCCATTCAATTACCTTCTTTCTTCTATTCCAACTTGCACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTAATATGCATGATTTGAGCATTGGTGAGCCTTATATTCTCTCTCTACTCTAACTAATAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993232
ATGTCTCGAATCAAAGGAGAAGTGATGTGGCCGAGGTTAGTGGCGAGCAAGATCTTCAAAAAGAGATTGGGCAGCCACAACTTCGTCGCCGATTATCCAACCGCCACCGGCGAGCCTTTCATGGAAATCCCGCCTTGCTTCAACCACAAGTCTCTCACTCCCAGCGCCACCTTCATCAAAGATCGCGACGAGGAGACACGAAATTACAAGGTGTTTGTTAGCACTTGGAACGTCGGAGGAGTTGAACCAACTGAGAATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774034.1
MSRIKGEVMWPRLVASKIFKKRLGSHNFVADYPTATGEPFMEIPPCFNHKSLTPSATFIKDRDEETRNYKVFVSTWNVGGVEPTENSVMDELIDHTNPCDIYVFGFQEVVPLRAGNVLGPEKSKIWMKWNSLIRGALMKTKEEESCFRCIISKQMVGILISVWVRAELRPYVRNPSVSCVGCGIMGCLGNKGSVSVRFRLHETSFCFVCSHLASGGREGHHKYRNSNVQEILSRTIFPRGSSLHLPTNILHHDRVIFLGD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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