当前解析结果
SmilChr07G002175| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002175 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002175 |
| 描述 | protein BOLA4, chloroplastic/mitochondrial-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 19938497 - 19940460 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130993256 |
|---|---|
| GeneID | 130993256 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993256 |
| 原始查询 | SmilChr07G002175 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein BOLA4, chloroplastic/mitochondrial-like |
| 产物 | protein BOLA4%2C chloroplastic/mitochondrial-like |
| Arabidopsis | AT5G17560 (AT5G17560)BolA-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831622] identity=75; qcov=0.497; evalue=1.77e-39; confidence=medium |
| Rice | Os06g0484600- identity=60.2; qcov=0.702; evalue=4.11e-39; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01722 (BolA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993256 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057774063.1 |
| 2 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.80000 | XP_057774063.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057774063.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774063.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057774063.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:19938746 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr7:19938776 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B99 |
Chr7:19938818 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C15,C21 |
Chr7:19938964 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B34,C16,C67,C72 |
Chr7:19938987 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B57 |
Chr7:19938987 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B57 |
Chr7:19940076 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C70 |
Chr7:19940126 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C72 |
Chr7:19940223 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C22,C60 |
Chr7:19940283 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B66,B83,C66 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774063.1PF01722
BolA 104-156 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774063.1 |
Pfam | PF01722 |
BolA | Family | 104 | 156 | 3.9e-13 | 50.2 | BolA-like protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。