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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002190

染色体: Chr07 坐标: 20118416-20119338 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002190
名称SmilChr07G002190
描述norbelladine synthase-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向20118416 - 20119338 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993272
GeneID130993272
locus_tag-
NCBI NameLOC130993272
原始查询SmilChr07G002190

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述norbelladine synthase-like
产物norbelladine synthase-like
Arabidopsis-
-
RiceOs04g0593400
-
identity=43.9; qcov=0.957; evalue=2.97e-38; confidence=medium
GOGO:0004864 (protein phosphatase inhibitor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006952 (defense response); GO:0009738 (abscisic acid-activated signaling pathway); GO:0010427 (abscisic acid binding); GO:0038023 (signaling receptor activity); GO:0080163 (GO:0080163)
KEGG-
PfamPF00407 (Bet_v_1); PF10604 (Polyketide_cyc2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993272

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057774082.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057774082.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774082.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774082.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774082.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:20118545 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 A16
Chr7:20118545 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 A16
Chr7:20118647 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774082.1
162 aa
N
1
81
162
Bet_v_1
Polyketide_cyc2
C
PF00407 Bet_v_1 2-140 aa PF10604 Polyketide_cyc2 4-135 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774082.1 Pfam PF00407 Bet_v_1 Domain 2 140 7.9e-14 52.5 Pathogenesis-related protein Bet v 1 family
XP_057774082.1 Pfam PF10604 Polyketide_cyc2 Family 4 135 5.8e-07 30.5 Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918099.1
ACGACCTCGAGTAATCCACCTTTGTTAGACGTTGAATTTATCAAAGCTGGGAGCACTAATTTTGTTGTTTTATTAATACAGAAAAATGATAAATATATTAAGAAGCAGAGAAGGGATCTTCAGCATTGTATTCGCTGCGCCTGCTTGATTTGTCGTTTTATTTACTCTTGCAAATATATACCCCTATTATCTCTCTAGTTGTAGTCGTGATTCATATCTACTCCTCCTCCGCCGCTGCAGCAAGCGGGAAGAAGAAGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993272
ATGTCCGGAACAATCTCCGACGAGAAAACGGTGAACGTACCAGCAAGCGAAGCGTGGAAGCTGTATGGCACTCTCCAGCTTGCGAAAATCGTGGAAGAAGCGCTACCCGACCTCATCAGCAAGATCGACGTCGTCCAAGGCGACGGCGGCGCCGGAACAGTTATCGAGCTGTTTTTCGCTCCAGGGATGGAGGGGGGATTGAAGTCGTACAAGGAGAAATTCACGGTGGTGGATGAGGAGAAACGAGTGAAGGAGACGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774082.1
MSGTISDEKTVNVPASEAWKLYGTLQLAKIVEEALPDLISKIDVVQGDGGAGTVIELFFAPGMEGGLKSYKEKFTVVDEEKRVKETEVVEGGYLDMGFRVYRVRLEVREVEGNEKQCITRATIEYELKEEAAANAAALVSIQPLTAIMQISADYLHRTYNNN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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