Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002191`

染色体: Chr07 坐标: 20128360-20131732 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002191`
名称	SmilChr07G002191
描述	norbelladine synthase-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	20128360 - 20131732 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993273`
GeneID	`130993273`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993273`
原始查询	`SmilChr07G002191`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	norbelladine synthase-like
产物	norbelladine synthase-like
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os04g0593400` - identity=39.4; qcov=0.952; evalue=1.01e-32; confidence=medium
GO	GO:0004864 (protein phosphatase inhibitor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006952 (defense response); GO:0009738 (abscisic acid-activated signaling pathway); GO:0010427 (abscisic acid binding); GO:0038023 (signaling receptor activity); GO:0080163 (GO:0080163)
KEGG	-
Pfam	PF00407 (Bet_v_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993273

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057774083.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057774083.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057774083.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774083.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774083.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:20128542`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr7:20128546`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,B101,B75
`Chr7:20128562`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr7:20128563`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr7:20128703`	`A`	`AGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	C23
`Chr7:20128703`	`A`	`AGC`	2bp_insertion	CDS_variant	1	C23
`Chr7:20131551`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr7:20131603`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B126,B46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774083.1

168 aa

168

Bet_v_1

PF00407 Bet_v_1 7-142 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774083.1`	Pfam	`PF00407`	Bet_v_1	Domain	7	142	1.9e-08	35.1	Pathogenesis-related protein Bet v 1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918100.1
ATGCACGGAATAATCTCTGATGAGAAAGCGATGAAGGTACCAGCGAGCGAAGCATGGAAGTTGATCGGCACTCTCCAACTCGCCAAATTTGTAGAAGAATCACTACCGAATTTCTGCAGCAAAATCGACGTCCTAGAAGGCGATGGTGCCGTCGGAACCATCCTTCGCCTTTCCTTCCCTCCAGGCACAGGTGAGAGCGGATTGGAGTGGTTGAAGGAGAAATTCACAGTAGTAGATAATGAAAAACTAGTGAAGGTGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993273
ATGCACGGAATAATCTCTGATGAGAAAGCGATGAAGGTACCAGCGAGCGAAGCATGGAAGTTGATCGGCACTCTCCAACTCGCCAAATTTGTAGAAGAATCACTACCGAATTTCTGCAGCAAAATCGACGTCCTAGAAGGCGATGGTGCCGTCGGAACCATCCTTCGCCTTTCCTTCCCTCCAGGCACAGGTGAGAGCGGATTGGAGTGGTTGAAGGAGAAATTCACAGTAGTAGATAATGAAAAACTAGTGAAGGTGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774083.1
MHGIISDEKAMKVPASEAWKLIGTLQLAKFVEESLPNFCSKIDVLEGDGAVGTILRLSFPPGTGESGLEWLKEKFTVVDNEKLVKVTEVVEGGYLDVGFTLYRFKLEVMEAAEEKEKEKEKHCIVRYTIEYEVKQDAAANASLASIQPLTAIMQLAADYLLRNYNNTN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器