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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002193

染色体: Chr07 坐标: 20149862-20154010 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002193
名称SmilChr07G002193
描述TOM1-like protein 1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向20149862 - 20154010 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993276
GeneID130993276
locus_tag-
NCBI NameLOC130993276
原始查询SmilChr07G002193

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述TOM1-like protein 1
产物TOM1-like protein 1
ArabidopsisAT5G16880 (AT5G16880)
Target of Myb protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831551]
identity=65; qcov=0.916; evalue=6.45e-156; confidence=high
RiceOs02g0697300 (tom1)
-
identity=60.7; qcov=1.03; evalue=3.33e-164; confidence=high
GOGO:0035091 (phosphatidylinositol binding); GO:0043130 (ubiquitin binding); GO:0043328 (protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway)
KEGG-
PfamPF00790 (VHS); PF03127 (GAT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993276

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057774088.1
2 Golgi apparatus 高尔基体 0.80000 XP_057774088.1
3 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.80000 XP_057774088.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057774088.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774088.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:20150997 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:20151135 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr7:20152064 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B85,C38
Chr7:20152068 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B112,B91
Chr7:20152070 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr7:20152760 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,C51
Chr7:20152767 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C15,C21
Chr7:20152810 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,C26
Chr7:20152963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774088.1
381 aa
N
1
190
381
VHS
GAT
C
PF00790 VHS 47-159 aa PF03127 GAT 230-304 aa
XP_057774089.1
381 aa
N
1
190
381
VHS
GAT
C
PF00790 VHS 47-159 aa PF03127 GAT 230-304 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774088.1 Pfam PF00790 VHS Repeat 47 159 2.9e-21 76.5 VHS domain
XP_057774088.1 Pfam PF03127 GAT Domain 230 304 4.3e-17 62.8 GAT domain
XP_057774089.1 Pfam PF00790 VHS Repeat 47 159 2.9e-21 76.5 VHS domain
XP_057774089.1 Pfam PF03127 GAT Domain 230 304 4.3e-17 62.8 GAT domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918106.1
TTGTTGCTAATATTGTTATTATTTATAATATTACTTTGATTCATTACTCAACAACCGACCTTAGCTCAGTTGGTAGAGCGGAGGACTGTAGTGTCTGCAGCTTAATCCTTAGGTCGCTGGTTCGAATCCGGCAGTTTTTAGGAGATGAGGACTCAGTGATCCAAGTCCAGGCCTTCAATATCAAGATTTCAAAGGAGTTGAACAATTGCTGAGAGTGAAGAGAGCAGTTTCTGCAAAAATGAGTGACAATTTGAAGGAAA...
XM_057918105.1
ACCTTAGCTCAGTTGGTAGAGCGGAGGACTGTAGTGTCTGCAGCTTAATCCTTAGGTCGCTGGTTCGAATCCGGCAGTATTTTTGTTTGTTTGTGATTTCACAGTTTTTAGGAGATGAGGACTCAGTGATCCAAGTCCAGGCCTTCAATATCAAGATTTCAAAGGAGTTGAACAATTGCTGAGAGTGAAGAGAGCAGTTTCTGCAAAAATGAGTGACAATTTGAAGGAAAAAGTGAATCAATTAGGCGAGCGGTTGAAGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130993276
ATGAGTGACAATTTGAAGGAAAAAGTGAATCAATTAGGCGAGCGGTTGAAGATTGGGGGGTCTGAGGTGGGGCAAAAACTTAGTGCTGGAATGAGCTCGATGAGTTTCAAAATGAAGGAATTTTTCCAAGGCCCTAGTCAGACAGACAGTCTGATTGAGGAAGCCACGGCTGAGACTCTGGATGAGCCTGATTGGGCCACCAATCTCGAACTCTGCGACATGATCAGCAATGAAAGGGTTAACAGTGTGGAGTTCATTAG...
LOC130993276
ATGAGTGACAATTTGAAGGAAAAAGTGAATCAATTAGGCGAGCGGTTGAAGATTGGGGGGTCTGAGGTGGGGCAAAAACTTAGTGCTGGAATGAGCTCGATGAGTTTCAAAATGAAGGAATTTTTCCAAGGCCCTAGTCAGACAGACAGTCTGATTGAGGAAGCCACGGCTGAGACTCTGGATGAGCCTGATTGGGCCACCAATCTCGAACTCTGCGACATGATCAGCAATGAAAGGGTTAACAGTGTGGAGTTCATTAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057774088.1
MSDNLKEKVNQLGERLKIGGSEVGQKLSAGMSSMSFKMKEFFQGPSQTDSLIEEATAETLDEPDWATNLELCDMISNERVNSVEFIRGIKKRFMCKSPRVQYLTLMLLETFVNNCERAFSEVAAERVLDEMVKLIEDPLTVINNRNKALILIETWGQPSNELRYLPVYQETCKSLIARGIRFPRRDIENLSNLFTPPRSVAGSDSLELCHEIPAQRFSAEQTKEAFDVARNSIELLNSVLSSSPAEDILLDDLTITLARQ...
XP_057774089.1
MSDNLKEKVNQLGERLKIGGSEVGQKLSAGMSSMSFKMKEFFQGPSQTDSLIEEATAETLDEPDWATNLELCDMISNERVNSVEFIRGIKKRFMCKSPRVQYLTLMLLETFVNNCERAFSEVAAERVLDEMVKLIEDPLTVINNRNKALILIETWGQPSNELRYLPVYQETCKSLIARGIRFPRRDIENLSNLFTPPRSVAGSDSLELCHEIPAQRFSAEQTKEAFDVARNSIELLNSVLSSSPAEDILLDDLTITLARQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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