Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002197`

染色体: Chr07 坐标: 20199044-20203799 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002197`
名称	SmilChr07G002197
描述	4-coumarate--CoA ligase 2
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	20199044 - 20203799 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993278`
GeneID	`130993278`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993278`
原始查询	`SmilChr07G002197`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	4-coumarate--CoA ligase 2
产物	4-coumarate--CoA ligase 2
Arabidopsis	`AT1G65060` (4CL3) 4-coumarate:CoA ligase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842814] identity=70.6; qcov=0.968; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0697400` (4CL2) - identity=68.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0016207 (4-coumarate-CoA ligase activity)
KEGG	smil00130 (Ubiquinone and other terpenoid-quinone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00940 (Phenylpropanoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00501 (AMP-binding); PF13193 (AMP-binding_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993278

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057774091.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057774091.1`
3	Peroxisome	过氧化物酶体	0.40000	`XP_057774091.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057774091.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774091.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:20199357`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr7:20199662`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,B30,B84
`Chr7:20199855`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr7:20199942`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B26,C14
`Chr7:20200298`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C45
`Chr7:20200346`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:20200360`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19
`Chr7:20200389`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B102,B104,B15,C51
`Chr7:20202411`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C67
`Chr7:20202411`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C67
`Chr7:20202422`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B127,B132,B71,C26
`Chr7:20202446`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774091.1

569 aa

284

569

AMP-binding

AMP-binding_C

PF00501 AMP-binding 52-425 aa PF13193 AMP-binding_C 476-551 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774091.1`	Pfam	`PF00501`	AMP-binding	Family	52	425	7.3e-95	318.7	AMP-binding enzyme
`XP_057774091.1`	Pfam	`PF13193`	AMP-binding_C	Domain	476	551	2.6e-18	67.4	AMP-binding enzyme C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918108.1
ACAGGAAAATTAAATGGAAAATTGACTAGCGCAAGAAGAGTAGGTGGAACGATTGGAAACGGGTTGCGATGCGTCAGCGGTTGCAGCTACCTTTTCTTCCCTCACCTCTCATTCTCTCTCAATTCGTAAATCTCACCTACCCAAAACACCCCTCTTCTCGTATTTATTGTTTCACTCTCTCTTCGCCTTCTTTCCTCAAACAGAAACTGCAACTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCAATTCACTAACGCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993278
ATGTTGTCGGTGGCAGCCGCCGAAGCTCAGAATCCAGAGCTCTCATCTCACGCGCTGCCGCAAACTCGATCACCGGAAGAAACTCATATCTTCGTTTCCAAACTCCCCACCATTCCCATCTCCAATGATATCCCACTCCACACATACTGCTTCCAGAATTACGCGCAGTACCCCGATCGCCCCTGCCTCATCGTCGGCACCGGCGCCGGAAAATCCTACACCTTCGCCGAAACGCACCTCATCTGCCGGAAGGTCGCCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774091.1
MLSVAAAEAQNPELSSHALPQTRSPEETHIFVSKLPTIPISNDIPLHTYCFQNYAQYPDRPCLIVGTGAGKSYTFAETHLICRKVAAGFSNRGIKKGDVIMVLLQNCAEFVFTFMGASMIGAVTTTANPFCTSNEIFKQFKASKSKMIVTQAMYVDKLRDTGDESIVFGEDFSVVTIDAPPEGCLPFSALSEADEATAPEVEIDPNDAVALPFSSGTTGLPKGVILTHKSLITSIAQQVDGDNPNLYLKPDDVVLCVLPL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器