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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002213

染色体: Chr07 坐标: 20386185-20389012 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002213
名称SmilChr07G002213
描述uncharacterized SmilChr07G002213
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向20386185 - 20389012 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993294
GeneID130993294
locus_tag-
NCBI NameLOC130993294
原始查询SmilChr07G002213

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述replicase polyprotein 1ab protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819096]; symbol=AT2G44870; hit=AT2G44870; species=arabidopsis; confidence=high
产物replicase polyprotein 1ab protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819096]; symbol=AT2G44870; hit=AT2G44870; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G44870 (AT2G44870)
replicase polyprotein 1ab protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819096]
identity=66; qcov=0.948; evalue=7.54e-97; confidence=high
RiceOs10g0569000
-
identity=47.7; qcov=0.355; evalue=2.59e-14; confidence=low
GOGO:0009507 (chloroplast)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993294

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057774112.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057774112.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.80000 XP_057774112.1
4 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.60000 XP_057774112.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774112.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:20386375 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr7:20387586 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C42
Chr7:20388537 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B125
Chr7:20388537 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B125
Chr7:20388817 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918129.1
ATCAATTATGACAAAGGTAAGGGGTGAAAACGAGATATTCGAAAACTTTATGTGCAACTGCCCGAGTACACTACCCGTAGCCTTCTAGGCGAACCACGAAAAAAAAAAAAAGGGGAAAAGGAAAAAAGAAAAAAACCCCAAAAAACCTTGTTTGTGACCTTAGCTCACCATCTTACCTTATTCATGGCGTCGAGCCTGCCATGGCACCCTCTACTGGCTGCGAAGCCCCAAAAGCGTCTATTTCACCGACCTAATCCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993294
ATGGCGTCGAGCCTGCCATGGCACCCTCTACTGGCTGCGAAGCCCCAAAAGCGTCTATTTCACCGACCTAATCCCATCTCCATCCACCACCGCGCGAGCATACGCGCCTTCAGGCGCAGCGACCTCGACGGATTCGCCAGGCGCGTCACGTCCGGCGAGCTGTGGCGCGACGCCTGGAGGAGTGCCAACGACGGATTCGAGTTGTTCGTCTATGAGACGCGGAAGACGGCGGAGCGGATAGACCGAAGATACGACGTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774112.1
MASSLPWHPLLAAKPQKRLFHRPNPISIHHRASIRAFRRSDLDGFARRVTSGELWRDAWRSANDGFELFVYETRKTAERIDRRYDVSRRASAVAESAADRARELDREFEITQRWRTFSLDFRRNLPRYRKQLNDFLDTPLGRSFATLFFLWFALSGWLFRILIFATWVLPFAGPLLIGAVANNLVIKGECPACKKQFVGYKSQTVRCASCGNIVWQPQGDFFSRGGRGPSSSKSKSQPDIIDVEFEEK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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