Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002215`

染色体: Chr07 坐标: 20396185-20399175 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002215`
名称	SmilChr07G002215
描述	uncharacterized SmilChr07G002215
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	20396185 - 20399175 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993297`
GeneID	`130993297`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993297`
原始查询	`SmilChr07G002215`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os02g0106700; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os02g0106700; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G24680` (AT5G24680) Peptidase C78, ubiquitin fold modifier-specific peptidase 1/ 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832540] identity=49.4; qcov=1.06; evalue=2.48e-97; confidence=high
Rice	`Os02g0106700` - identity=57.2; qcov=1.04; evalue=5.56e-126; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF07910 (Peptidase_C78)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993297

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057774114.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057774114.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057774114.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774114.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774114.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:20397431`	`ACC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	A20,B32,B59,B73,C75
`Chr7:20397431`	`ACC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	5	A20,B32,B59,B73,C75
`Chr7:20397442`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A24,B113,B126,B59,B7
`Chr7:20397452`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B34,B45
`Chr7:20397468`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B4,C36
`Chr7:20397470`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B34,B45
`Chr7:20397496`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B126,B7
`Chr7:20397671`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A13
`Chr7:20397764`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50
`Chr7:20397940`	`TCG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	B136,B139,B91,C72
`Chr7:20397940`	`TCG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	4	B136,B139,B91,C72
`Chr7:20397943`	`G`	`GAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	B136,B139,B91,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774114.1

300 aa

150

300

Peptidase_C78

PF07910 Peptidase_C78 19-275 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774114.1`	Pfam	`PF07910`	Peptidase_C78	Family	19	275	9.3e-47	159.9	Peptidase family C78

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918131.1
CTACATTCAACTCAAAAGAGAAAAGAGAGAAAAAAAAAAGTAGTATTCCTCGAAAAATGGAAATACAGCATTCGCACACAAATGACCCCCTTTTCCGCGGTTAATCCAAACACAAATTATAATTTCAAAATTCTGAGTTCTGTTCTGTTCTGTTCATGGATTTCTCAGCTTGCCCTATTTGTAATTTCAGCGTTCCGACTCACGAACTACAGAGACATGCGAATCAGCACTTTCATTGATGAAGATGAGGCGAGAGATAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993297
ATGATTATGCTGAGAAAATGTTTGGAATCAGAATCAGGAAGCTCAAGAACTGTATTGTGTGGGTATATTGATCATTTTCAGAGCACTGTATCCCATGATGTTGGTTGGGGATGTGGGTGGCGTAATATCCAGATGCTCAGCTCTCACTTGATCAAACAAAGACAAGAAGCAAGACAAGTCCTTTATGGTGGTTCTGGGTTTGTACCTAATATTGAATCACTTCAGAGATGGCTTGAACTTGCCTGGGAAAAAGGTTTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774114.1
MIMLRKCLESESGSSRTVLCGYIDHFQSTVSHDVGWGCGWRNIQMLSSHLIKQRQEARQVLYGGSGFVPNIESLQRWLELAWEKGFDPPGSDDFDRKIYGTEKWIGTTECAALFRSFGLRARIVDFSTRKATEVYGPMDRFLSKGKVGSSVSVSSGKESYRDSSVLPGIQGKGHQVLARWVWKYFSSSNADRSGNHRVVLSEKSPLYFQHDGHSRTIVGIQTKSERNGMQQYNLLILDPGERTGALEKSLRENAGWQKLI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器