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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002218

染色体: Chr07 坐标: 20440219-20443540 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002218
名称SmilChr07G002218
描述uncharacterized SmilChr07G002218
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向20440219 - 20443540 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993309
GeneID130993309
locus_tag-
NCBI NameLOC130993309
原始查询SmilChr07G002218

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os10g0509100; species=rice; confidence=high
产物hit=Os10g0509100; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT5G24610 (AT5G24610)
cyclic AMP-responsive element-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832532]
identity=73.5; qcov=1.01; evalue=6.59e-74; confidence=high
RiceOs10g0509100
-
identity=71.9; qcov=1; evalue=1.3e-75; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993309

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057774129.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057774129.1
3 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057774129.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774129.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774129.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:20441512 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B131,B35,B99
Chr7:20441525 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr7:20441542 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B18,B26,C3,C43
Chr7:20441738 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091624.1
TAAACTTTTGTTTTGTTTTGCGTTTTGTGTAAGAGAAAGTTGGTAACTGTTGGTTGCGCTGAAGATTCCGTCTACTGTAACATCTGGTCCAGGAGTTGGGATTGGGATTCATTGAAGTCTTAAGATTTGCTTGCCAAGATAAGAAATGGAGGTATTTGGCAAATCTATGGTAACTGTACCTACAAATGTTATTTATTTGTCAAGTATTCTGGGTCAGGATGGGCCTAACCCTATGCACAAATGTGACTGGAAATGTGAAA...
XR_009091623.1
TAAACTTTTGTTTTGTTTTGCGTTTTGTGTAAGAGAAAGTTGGTAACTGTTGGTTGCGCTGAAGATTCCGTCTACTGTAACATCTGGTCCAGGAGTTGGGATTGGGATTCATTGAAGTCTTAAGATTTGCTTGCCAAGATAAGAAATGGAGGTATTTGGCAAATCTATGGTAACTGTACCTACAAATGTTATTTATTTGTCAAGTATTCTGGGTCAGGATGGGCCTAACCCTATGCACAAATGTGACTGGAAATGTGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993309
ATGGAGGTATTTGGCAAATCTATGGTAACTGTACCTACAAATGTTATTTATTTGTCAAGTATTCTGGGTCAGGATGGGCCTAACCCTATGCACAAATGTGACTGGAAATGTGAAAACGAACTTGTATGTGGGAATATGTATCGCTGCAGGCTAACCGGACAGATGCACATTTGTGACAAAAACTGTAACCAGAGAATTTTGTATGATAACCATAGCTCACTCTGCAGAGTGAGCAAGCAGATTTTTCCTTTAACACAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774129.1
MEVFGKSMVTVPTNVIYLSSILGQDGPNPMHKCDWKCENELVCGNMYRCRLTGQMHICDKNCNQRILYDNHSSLCRVSKQIFPLTQVEQQAVRGVRRKLDAESCSTAESCAFKRRRDAQHHPSSFERSFTAVSPICSQIGDGMDMS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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